Z przedstawionego dokumentu Komisji Europejskiej dotyczącego podatku VAT wynika, że obecny schemat rozliczania transakcji wspólnotowych ma być zastąpiony takim, w którym transakcje transgraniczne traktowane będą tak, jak transakcje krajowe. Wprowadzenie zmian może ograniczyć skalę nadużyć, m.in. poprzez zmniejszenie liczby podmiotów, które otrzymają zwrot podatku VAT dzięki stosowaniu stawki 0 proc.
W związku z finansowaniem wczasów ze środków ZFŚS może dojść do dwóch sytuacji, rodzących różne skutki w VAT. Jeżeli pracodawca finansuje pracownikom usługi nabyte od innych podmiotów, wówczas nie działa jako podatnik VAT, a zatem czynność ta pozostaje poza zakresem opodatkowania VAT. Natomiast gdy pracodawca funduje pracownikom wczasy w ośrodku wypoczynkowym należącym do niego, tj. usługę wykonywaną przez pracodawcę w ramach działalności gospodarczej, wtedy działa jako podatnik i wykonuje czynności opodatkowane VAT.
Odliczanie VAT powinno następować według tzw. proporcji sprzedaży. W trakcie roku podatkowego podatnik stosuje proporcję wstępną, wynikającą z poprzedniego roku. Po zakończeniu roku dokonuje się korekty według faktycznej proporcji sprzedaży z danego roku. W przypadku, gdy proporcja przekroczy 98% oraz kwota podatku naliczonego niepodlegająca odliczeniu, wynikająca z zastosowania tej proporcji, w skali roku, jest mniejsza niż 500 zł - podatnik ma prawo uznać, że proporcja ta wynosi 100%.
Zasadą jest, że każda jednolita gospodarczo transakcja dostawy towarów (m.in. laptopów, smartfonów, konsol do gier), której wartość przekroczy 20 tys. zł netto, powinna być objęta mechanizmem odwróconego VAT. Jak natomiast stosować przepisy dotyczące jednolitej transakcji gospodarczej w przypadku umowy ramowej, udzielenia rabatu obniżającego wartość transakcji, czy też w sytuacji zaprzestania wykonywania umowy współpracy między kontrahentami?
Dochowanie „należytej staranności” jako warunku odliczenia podatku naliczonego VAT jest ostatnio szczególnie popularnym zagadaniem, a to wobec ogromnej ilości postępowań kontrolnych i podatkowych w sprawie oszustw w tym podatku w związku z mechanizmem tzw. „karuzeli podatkowej”. Mechanizm ten polega na „wkręcaniu” uczciwych podatników przez oszustów do łańcucha transakcji obrotu zazwyczaj tym samym towarem. Towar w tych transakcjach zazwyczaj rzeczywiście występuje, tyle że na niektórych etapach obrotu (zarówno przed tym, na którym występuje wkręcany, jak i po). Niekiedy dochodzi do tego jeszcze dostawa wewnątrzwspólnotowa (WDT), której dokonuje uczciwy podatnik, a nabywca z innego kraju UE zazwyczaj jej zaprzecza lub znika.
Jeżeli podatnik zleca pewne czynności podwykonawcom, to nie mamy do czynienia z usługą kompleksową - tak orzekł Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 11 lutego 2016 r. W ustnym uzasadnieniu sędzia Barbara Wasilewska wskazała, że zgodnie z orzecznictwem Trybunału Sprawiedliwości UE usługa kompleksowa to taka, w której świadczenia są związane tak ściśle, iż podatnik nie może wykonać jednego z nich bez drugiego. Jeżeli obok podatnika pojawia się inny podmiot świadczący usługę (np, podwykonawca), nie może już być mowy o kompleksowości.
