Narzędzia jakimi dysponują organy podatkowe powodują, że kontrole są coraz skuteczniejsze i mają coraz większy wymiar finansowy. Na przestrzeni ostatnich lat jest mniej kontroli przedsiębiorców, ale w ich wyniku znacznie zwiększyła się kwota stwierdzonych uszczupleń podatkowych. W praktyce oznacza to, że kontroli jest mniej, ale celniej trafiają w podmioty, które naruszają przepisy podatkowe. To z kolei przekłada się zwiększenie ustaleń podatkowych oraz lepszą efektywność kontroli (stosunek zaangażowanych środków na przeprowadzenie kontroli do kwoty stwierdzonych uszczupleń podatkowych).
Zgodnie z przepisami ordynacji podatkowej bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. Przy czym, żeby wszczęcie postępowania wywołało wskazany skutek, warunkiem koniecznym jest zawiadomienie o tym fakcie podatnika przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania.
Podatnik, który otrzyma wynik kontroli celno-skarbowej, tylko raz będzie mógł skorygować złożoną deklarację podatkową. Jeśli później uzna, że dokonane przez niego rozliczenia wbrew opinii kontrolujących były jednak prawidłowe, to ponowna deklaracja, w zakresie, jakim cofa ustalenia kontroli, będzie już bezskuteczna.
Z przepisów podatkowych wynika, że zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem pięciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Okazuje się jednak, jak zauważa ekspert Grant Thornton, że organy podatkowe kwestionują podatek VAT z przeniesienia w wysokości zadeklarowanej w deklaracji za kolejny okres rozliczeniowy, mimo iż zobowiązanie uległo przedawnieniu.
W dniu 18 czerwca 2018 r. Naczelny Sąd Administracyjny wydał uchwałę w zakresie obowiązków informacyjnych, jakie muszą zostać spełnione, aby Organ podatkowy skutecznie zawiesił bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Niestety po raz kolejny NSA orzekł profiskalnie. Oznacza to, że warunki formalne jakie musi spełnić organ podatkowy, by doprowadzić do zawieszenia biegu terminu przedawnienia, są zredukowane do minimum.
Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale (podjętej w składzie 7 sędziów) 18 czerwca 2018 r. (sygn. akt I FPS 1/18) orzekł, że zawiadomienie podatnika na podstawie art. 70c Ordynacji podatkowej informujące, że z określonym co do daty dniem, „na skutek przesłanki z art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej” nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego podatnika za wskazany okres rozliczeniowy, jest wystarczające do stwierdzenia, że nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia tego zobowiązania na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej.
