Z przedstawionego dokumentu Komisji Europejskiej dotyczącego podatku VAT wynika, że obecny schemat rozliczania transakcji wspólnotowych ma być zastąpiony takim, w którym transakcje transgraniczne traktowane będą tak, jak transakcje krajowe. Wprowadzenie zmian może ograniczyć skalę nadużyć, m.in. poprzez zmniejszenie liczby podmiotów, które otrzymają zwrot podatku VAT dzięki stosowaniu stawki 0 proc.
W związku z finansowaniem wczasów ze środków ZFŚS może dojść do dwóch sytuacji, rodzących różne skutki w VAT. Jeżeli pracodawca finansuje pracownikom usługi nabyte od innych podmiotów, wówczas nie działa jako podatnik VAT, a zatem czynność ta pozostaje poza zakresem opodatkowania VAT. Natomiast gdy pracodawca funduje pracownikom wczasy w ośrodku wypoczynkowym należącym do niego, tj. usługę wykonywaną przez pracodawcę w ramach działalności gospodarczej, wtedy działa jako podatnik i wykonuje czynności opodatkowane VAT.
Akcyzą z pewnością są opodatkowane sprowadzane z zagranicy pojazdy towarowe o podwyższonym standardzie, tj. SUVy, luksusowe pick-upy, posiadające więcej niż jeden rząd siedzeń (lub przystosowane do ich łatwego zamontowania) i przeszkloną część ładunkową. Za to nieopodatkowane powinny być m.in.: typowe ciężarówki, autobusy, pojazdy specjalne i furgony nie posiadające przeszkolonej część ładunkowej.
Ministerstwo Finansów zapewnia, że organy podatkowe dokładają szczególnej staranności, aby dokonywać zwrotu podatku VAT dla polskich eksporterów w ustawowych terminach oraz nie są zainteresowane nieuzasadnionym przedłużaniem tych terminów, m.in. dlatego, że w przypadku ustalenia, że kwota zwrotu VAT była zasadna, muszą ją zwrócić wraz z odsetkami.
Odliczanie VAT powinno następować według tzw. proporcji sprzedaży. W trakcie roku podatkowego podatnik stosuje proporcję wstępną, wynikającą z poprzedniego roku. Po zakończeniu roku dokonuje się korekty według faktycznej proporcji sprzedaży z danego roku. W przypadku, gdy proporcja przekroczy 98% oraz kwota podatku naliczonego niepodlegająca odliczeniu, wynikająca z zastosowania tej proporcji, w skali roku, jest mniejsza niż 500 zł - podatnik ma prawo uznać, że proporcja ta wynosi 100%.
Według ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych odliczeniom od dochodu podlegają: ulga rehabilitacyjna, darowizny oraz inne wydatki np. na korzystanie z Internetu, nowe technologie czy działalność badawczo-rozwojową. Jednak nie w każdym wypadku możemy pomniejszyć nasz dochód do opodatkowania o wymienione pozycje. Jeśli chodzi o darowizny, uwzględniane są te na krwiodawstwo, działalność pożytku publicznego, działalność charytatywno-opiekuńczą kościelnych osób prawnych, a także na kult religijny.