Wydatki na nabycie licencji, pozwalającej np. na wykorzystywanie specjalistycznego oprogramowania komputerowego, czy utworów chronionych prawem autorskim, z zasady stanowią koszt uzyskania przychodu. Sposób ujęcia poniesionego wydatku w kosztach podatkowy zależy zarówno od jego wartości, jak i długości przewidywanego okresu, w którym nabyty program będzie użytkowany w ramach działalności gospodarczej.
Niektórzy przedsiębiorcy, mimo rejestracji jako podatnicy VAT, nie mają prawa do obniżenia VAT-u od sprzedaży, o VAT od zakupów. Wówczas nabywcy usług lub towarów od tych firm, także nie mogą dokonać odliczeń. W niektórych przypadkach, takie transakcje dokumentowane są fakturą VAT marża, która nie posiada wyszczególnionej kwoty VAT.
Przy umorzeniu lub zbyciu udziałów objętych na skutek wniesienia aportu, kosztem właściciela takich udziałów jest - co do zasady - ich wartość nominalna. Zasada ta nie dotyczy przypadków, w których aport ten miał formę, neutralnej podatkowo, transakcji wymiany udziałów. W takiej sytuacji, koszty właściciela umarzanych lub zbywanych udziałów są równe rzeczywistym kosztom historycznym, jakie poniósł na ich nabycie (a ściślej rzecz biorąc: na nabycie udziałów, jakie w ramach transakcji wymiany, były wnoszone drogą aportu).