Zmiany w podatkach dochodowych, która wejdą w życie od 1 stycznia 2018 r., spowodują wzrost ryzyka podatkowego w przypadku inwestycji związanych z przejmowaniem przedsiębiorstw i ich restrukturyzacją. Transakcje tego typu, podobnie jak dziś, będą musiały mieć uzasadnienie ekonomiczne. Jeśli fiskus uzna, że głównym celem była korzyść podatkowa, to firma przejmująca będzie musiała zapłacić karny podatek od przychodu, a nie jak dziś – od dochodu.
Przez długie lata polskie organy podatkowe stały na stanowisku, że niepobranie podatku lub zastosowanie niższej stawki, jeżeli wynikało to z umów o unikaniu podwójnego opodatkowania, możliwe było pod warunkiem przedstawienia certyfikatu rezydencji podatkowej w formie papierowej. E-certyfikaty były honorowane przez fiskus tylko wtedy, gdy organy podatkowe innego państwa w ogóle nie wydawały certyfikatów w wersji papierowej. Jednak obecnie stanowisko fiskusa uległo zmianie. W interpretacji indywidualnej z 26 czerwca 2017 r. wydanej przez Szefa KAS, przyjęto, że certyfikat rezydencji uzyskany w formie elektronicznej będzie dla płatnika podstawą do zastosowania postanowień umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania.
Komandytariusz (np. z spółka z o.o.) polskiej spółki komandytowej, w której komplementariuszem jest spółka limited z siedzibą na Malcie może zgodnie z prawem płacić w Polsce CIT jedynie od 0,01% swojego dochodu. Reszta, czyli 99,99 proc. trafia do komplementariusza maltańskiego, która może go w całości wypłacić swojemu dyrektorowi zarządzającemu tytułem wynagrodzenia. Wynagrodzenie to jest zwolnione z PIT na mocy polskiej ustawy o PIT i umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania podpisanej z Maltą. Nie stanowi też podstawy do naliczenia składek ubezpieczeniowych.
Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 29 stycznia 2016 r., (sygn. akt II FSK 3178/13) rozstrzygnął kwestię tego, jak należy interpretować termin ,,wartość zadłużenia”, o którym mowa w art. 16 ust. 1 pkt 60 i 61 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (przepisy dot. tzw. cienkiej kapitalizacji). W orzecznictwie sporne jest, czy przez to określenie rozumieć trzeba jedynie wartość pożyczek czy też wszystkich zobowiązań wobec podmiotu powiązanego.