Polski podatnik, który jest zobowiązany do rozliczenia WNT, zazwyczaj wykazuje podatek należny w rozliczeniu za okres, w którym została wystawiona faktura. W rozliczeniu za ten sam okres może odliczyć VAT naliczony, gdy zakupy są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Problem pojawia się, gdy otrzymuje fakturę od zagranicznego kontrahenta z opóźnieniem. Po zmianach od 2017 r. takie opóźnienie w pewnych przypadkach będzie niosło ze sobą również konsekwencje finansowe.
Dnia 2 czerwca 2016 r. Trybunał Sprawiedliwości UE wydał korzystny dla podatników akcyzy z tytułu sprzedaży oleju opałowego. Wszyscy ci, wobec których zastosowano polskie przepisy oceniane przez TS UE (art. 89 ustawy z 2008 r.) do 8 września 2016 r. mogli oni składać wnioski o wznowienie do organów, który wydały decyzję ostateczną. Do 8 listopada 2016 r. mogą to jeszcze zrobić w zakresie postępowania sądowego – do NSA lub WSA. Jest to ostatnia szansa, ale dotyczy ona już tylko tych podatników, którzy doszli w swojej sprawie do etapu sądu administracyjnego. Co którzy nie skarżyli decyzji dyrektorów izb celnych lub nawet organów I instancji, mają już zamkniętą drogę.
Zdaniem Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej zarówno ogólna systematyka, jak i cel Dyrektywa Rady 2003/96/WE opierają się na zasadzie, według której produkty energetyczne są opodatkowane zgodnie z ich faktycznym wykorzystaniem. A zatem zastosowanie stawki akcyzy na olej opałowy jak dla paliwa napędowego w wyniku naruszenia warunku formalnego, podczas gdy faktyczne zużycie tego oleju na cele opałowe nie budzi wątpliwości, godzi w tę systematykę i cel, a przez to jest niezgodne z przepisami unijnymi.