Przedsiębiorcy, którzy wypłacają wynagrodzenie kontrahentom zagranicznym, nieposiadającym polskiej rezydencji podatkowej, zobowiązani są, jako płatnicy od tak wypłaconego wynagrodzenia potrącić i odprowadzić tzw. podatek u źródła. W praktyce bywa jednak, że w wyniku umowy między kontrahentami, kwota podatku u źródła nie zostaje odjęta od wynagrodzenia. Ciężar podatku u źródła ponosi wówczas polski przedsiębiorca. Wypłacone w ten sposób ubruttowione wynagrodzenie można jednak w całości zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów.
Przez długie lata polskie organy podatkowe stały na stanowisku, że niepobranie podatku lub zastosowanie niższej stawki, jeżeli wynikało to z umów o unikaniu podwójnego opodatkowania, możliwe było pod warunkiem przedstawienia certyfikatu rezydencji podatkowej w formie papierowej. E-certyfikaty były honorowane przez fiskus tylko wtedy, gdy organy podatkowe innego państwa w ogóle nie wydawały certyfikatów w wersji papierowej. Jednak obecnie stanowisko fiskusa uległo zmianie. W interpretacji indywidualnej z 26 czerwca 2017 r. wydanej przez Szefa KAS, przyjęto, że certyfikat rezydencji uzyskany w formie elektronicznej będzie dla płatnika podstawą do zastosowania postanowień umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania.