Polskie organy podatkowej uważają, że zagraniczny podatek VAT należny jest przychodem, a naliczony kosztem. Sądy orzekają odwrotnie, że nie jest przychodem, a kosztem tylko wtedy, gdy się go nie odzyska. Spory o to trwają od kilku lat i dotyczą każdego polskiego przedsiębiorcy, który działa za granicą i wystawia faktury z tamtejszym podatkiem należnym (np. niemieckim, szwedzkim) oraz otrzymuje dokumenty z wykazanym na nich podatkiem naliczonym.
Wskutek połączenia, spółka przejmująca staje się właścicielem aktywów innej spółki i wypracowanego przez nią know-how, dzięki któremu może np. zreorganizować kadrę pracowniczą, zmniejszyć koszty administracyjne oraz zwiększyć lub zróżnicować produkcję. To w rezultacie daje przewagę konkurencyjną na rynku. Dodatkowo jednym z najpowszechniejszych skojarzeń związanych z restrukturyzacją spółek jest kwestia podatkowa, jak np. odliczenie straty, kontynuacja odpisów amortyzacyjnych, czy też brak uznania za dochód nadwyżki przejętego majątku.