Jeżeli przedmiotem dostawy są towary opodatkowane stawką VAT w wysokości 23%, to dla kosztów przesyłki dokonywanej przez firmę kurierską lub operatora pocztowego, należy stosować taką samą stawkę VAT. Natomiast w sytuacji, gdy na jednej fakturze są pozycje opodatkowane stawką 8% lub stawką 23%, wtedy koszty przesyłki należy przyporządkować poszczególnym towarom a do kosztów przesyłki zastosować taką samą stawkę VAT jak dla towarów, z którymi są związane.
Kompensata wzajemnych wierzytelności nie wyklucza ubiegania się przez podatnika o zwrot podatku w terminie 25 dni. Tym samym, warunek otrzymania przyspieszonego zwrotu nadwyżki podatku, należy uznać za spełniony także wtedy, gdy w miejsce zapłaty należności z faktury, podatnik i wystawca faktury dokonają wzajemnego potrącenia przysługujących im wierzytelności, gdyż kompensata należności jest dopuszczalną prawnie formą rozliczeń.
Centralny Rejestr Faktur będzie narzędziem do kontroli przedsiębiorców, ich działalności gospodarczej oraz zawieranych transakcji z dokładnością do każdej otrzymanej czy wystawionej faktury. Rejestr ma być bazą faktur, a zatem przedsiębiorcy będą mieli kolejny obowiązek wobec fiskusa, czyli obowiązek przesyłania każdej faktury, w czasie rzeczywistym, do centralnej bazy administracji rządowej.
Wydanie weksla stanowi uregulowanie należności, w myśl przepisów ustawy o VAT, a tym samym, podatnik wystawiając i wręczając wierzycielowi weksel własny, przed upływem terminu, po upływie którego byłby zobowiązany do korekty podatku VAT, nie będzie zobowiązany do dokonania korekty podatku naliczonego z tytułu zakupu składników majątkowych.
W praktyce gospodarczej uzyskanie opieczętowanego i opatrzonego podpisami zarówno przewoźnika, jak i nabywcy listu przewozowego, potwierdzającego dostawę towaru do nabywcy, jest w wielu przypadkach znacznie utrudnione. Minister Finansów w wydanej interpretacji potwierdził, że dopuszczalne są również inne sposoby i formy dokumentowania dostawy, w tym m.in. dokumentowanie dostawy oświadczeniem odbiorcy towaru i w formie skanu przesyłanym mailem do dostawcy towaru.
W przypadku, gdy nabywca otrzyma fakturę zawierającą błędy w elementach nazwy sprzedawcy lub nabywcy albo oznaczenia towaru lub usługi, może je skorygować notą korygującą. Należy jednak podkreślić, że wystawienie noty korygującej nie może prowadzić do zmiany podmiotu umowy sprzedaży. W przypadku, gdy błędne są wszystkie dane nabywcy wskazane na fakturze, nie jest dopuszczalne jej korygowanie w drodze noty korygującej. Jedynym sposobem naprawienia tego typu błędu jest wystawienie faktury korygującej przez sprzedawcę.
Ministerstwo Finansów zapewnia, że organy podatkowe dokładają szczególnej staranności, aby dokonywać zwrotu podatku VAT dla polskich eksporterów w ustawowych terminach oraz nie są zainteresowane nieuzasadnionym przedłużaniem tych terminów, m.in. dlatego, że w przypadku ustalenia, że kwota zwrotu VAT była zasadna, muszą ją zwrócić wraz z odsetkami.