Klauzula obejścia prawa podatkowego, która obowiązuje od lipca ubiegłego roku, dotyczy zarówno wszystkich firm, jak i osób fizycznych, choć w założeniu wymierzona była w większe firmy unikające opodatkowania. Stanowi to duży kłopot dla firm z sektora małych i średnich przedsiębiorstw, ponieważ to głównie małe firmy mają problem z uzyskaniem od Krajowej Informacji Skarbowej interpretacji indywidualnych.
Wierzytelność będąca nadpłatą podatku, powstałą na gruncie przepisów Ordynacji podatkowej, może zostać zajęta w postępowaniu egzekucyjnym prowadzonym przez komornika sądowego lub administracyjny organ egzekucyjny. Jednak w pierwszej kolejności nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę od nieuregulowanych w terminie zaliczek, kosztów upomnienia oraz bieżących zobowiązań podatkowych. Dlatego organ podatkowy przed przekazaniem nadpłaty na realizację zajęcia wierzytelności zobowiązany jest do dokonania analizy, czy na podatniku ciążą zaległości i wymagalne zobowiązania podatkowe.
Nie można pozbawić prawa odliczenia VAT naliczonego podatnika VAT, który mimo zachowania należytej staranności nie wiedział i nie mógł wiedzieć, że w ramach danej transakcji dostawca dopuścił się przestępstwa lub że inna transakcja w łańcuchu dostaw, dokonana przed transakcją przeprowadzoną przez owego podatnika lub po niej, miała miejsce z naruszeniem przepisów o podatku VAT. Problem w tym, że przepisy nie określają standardów owej należytej staranności, a praktyka organów podatkowych jest różna. Ministerstwo Finansów przygotowuje listę działań świadczących o należytej staranności i dobrej wierze podatnika VAT.
Przypomnijmy, że od 15 lipca ubiegłego roku obowiązują nowe przepisy, które wprowadziły do polskiego systemu podatkowego instytucję klauzuli przeciwko unikaniu opodatkowania. Okazuje się jednak, na co wskazuje Rzecznik Praw Obywatelskich, że konstrukcja prawna klauzuli posługuje się pojęciami, które mogą być niejednoznacznie rozumiane i różnie interpretowane.