Narzędzia jakimi dysponują organy podatkowe powodują, że kontrole są coraz skuteczniejsze i mają coraz większy wymiar finansowy. Na przestrzeni ostatnich lat jest mniej kontroli przedsiębiorców, ale w ich wyniku znacznie zwiększyła się kwota stwierdzonych uszczupleń podatkowych. W praktyce oznacza to, że kontroli jest mniej, ale celniej trafiają w podmioty, które naruszają przepisy podatkowe. To z kolei przekłada się zwiększenie ustaleń podatkowych oraz lepszą efektywność kontroli (stosunek zaangażowanych środków na przeprowadzenie kontroli do kwoty stwierdzonych uszczupleń podatkowych).
Organy podatkowe, w ramach postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, chcąc sprawdzić autentyczność transakcji podatnika przeprowadzają tzw. kontrolę krzyżową (czynności sprawdzające). Kontrola tego rodzaju do niedawna mogła być przeprowadzona jedynie u bezpośredniego kontrahenta podatnika, tj. u sprzedawcy, od którego podatnik kupił towar lub usługę albo u nabywcy, któremu podatnik sprzedał towar lub usługę.
Podatnicy mają kłopoty z płaceniem kartami płatniczymi za podatki mimo, że taką możliwość przewiduje od 1 stycznia 2016 r. znowelizowana Ordynacja podatkowa. Problem tkwi w tym, że podatnika obciążają koszty opłat i prowizji związanych z taką zapłatą (opłata interchange, opłata na rzecz organizacji kartowej, czy marża agenta rozliczeniowego). Ale w praktyce najczęściej tych opłat nie można uiścić elektronicznie, a jedynie gotówką.