Organy podatkowe, w ramach postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, chcąc sprawdzić autentyczność transakcji podatnika przeprowadzają tzw. kontrolę krzyżową (czynności sprawdzające). Kontrola tego rodzaju do niedawna mogła być przeprowadzona jedynie u bezpośredniego kontrahenta podatnika, tj. u sprzedawcy, od którego podatnik kupił towar lub usługę albo u nabywcy, któremu podatnik sprzedał towar lub usługę.
Rząd, a konkretnie Ministerstwo Finansów pracuje nad kolejnymi zmianami w podatku dochodowym od osób prawnych, które mają na celu uszczelnienie systemu CIT, tak aby zapewnić powiązanie wysokości płaconego przez duże przedsiębiorstwa, w szczególności przedsiębiorstwa międzynarodowe podatku, z faktycznym miejscem uzyskiwania przez nie dochodu.