Nie należy wszczynać egzekucji, kontroli podatkowej, czynności sprawdzających i wszelkich innych procedur, jeżeli podatnik wnioskuje o odroczenie lub rozłożenie na raty zapłaty daniny – zaleciło urzędom skarbowym Ministerstwo Finansów. Z wytycznych wynika też, że nadpłaty mają być zwracane nawet tym, którzy zalegają wobec fiskusa z innego tytułu. „Innymi słowy zwroty podatków i nadpłat podatków powstałe przed dniem powstania zaległości podatkowej nie będą zaliczane na poczet odroczonych lub rozłożonych na raty zaległości podatkowych, tylko zwracane bezpośrednio” – czytamy w zaleceniach. W pierwszej kolejności urzędy skarbowe mają odraczać terminy zapłaty podatków lub rozkładać je na raty. Przy umorzeniu „zaleca się pogłębioną analizę zasad pomocy publicznej”.
Rok 2019 był kolejnym, w którym Krajowa Administracja Skarbowa rzadziej kontrolowała podatników. Liczba kontroli celno-skarbowych spadła o 14,5%, a kontroli podatkowych o 11,6% w porównaniu do 2018 roku. Typowanie do kontroli opiera się na analizie ryzyka, do której wykorzystywane są zaawansowane narzędzia analityczne (BIG DATA). Kontrole podatkowe często zastępowane są czynnościami sprawdzającymi.
Organy podatkowe mają obowiązek kontrolować m.in. czy podatnicy nie zawyżają kosztów uzyskania przychodu, a tym samym, czy celowo nie zmniejszają podstawy opodatkowania. W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości podatnik ma prawo do złożenia korekty (deklaracji, zeznania podatkowego), a jeżeli korekta nie zostanie złożona, organ wyda decyzję wymiarową w postępowaniu podatkowym.
Od 1 stycznia 2016 r. obowiązują przepisy regulujące zasady dokonywania korekty kosztów (art. 15 ust. 4i-4l ustawy o CIT). Z przepisów tych wynika, że każda korekta przychodu lub kosztu, która nie będzie spowodowana błędem rachunkowym lub oczywistą omyłką, ma być dokonywana na bieżąco. Przepisy o korekcie kosztów mają zastosowanie również przy korygowaniu kosztów uzyskania przychodów poniesionych przed 1 stycznia 2016 r. Wcześniej według ugruntowanego stanowiska organów podatkowych i sądów, korekty przychodów i kosztów należało dokonywać zawsze wstecz - bez względu na przyczynę (por. wyrok NSA z 25 kwietnia 2014 r., sygn. II FSK 4/13). Dla podatników oznaczało to obowiązek korygowania prowadzonych ewidencji i zeznań podatkowych niejednokrotnie nawet za kilka lat.
Narzędzia jakimi dysponują organy podatkowe powodują, że kontrole są coraz skuteczniejsze i mają coraz większy wymiar finansowy. Na przestrzeni ostatnich lat jest mniej kontroli przedsiębiorców, ale w ich wyniku znacznie zwiększyła się kwota stwierdzonych uszczupleń podatkowych. W praktyce oznacza to, że kontroli jest mniej, ale celniej trafiają w podmioty, które naruszają przepisy podatkowe. To z kolei przekłada się zwiększenie ustaleń podatkowych oraz lepszą efektywność kontroli (stosunek zaangażowanych środków na przeprowadzenie kontroli do kwoty stwierdzonych uszczupleń podatkowych).
Podatnik, który otrzyma wynik kontroli celno-skarbowej, tylko raz będzie mógł skorygować złożoną deklarację podatkową. Jeśli później uzna, że dokonane przez niego rozliczenia wbrew opinii kontrolujących były jednak prawidłowe, to ponowna deklaracja, w zakresie, jakim cofa ustalenia kontroli, będzie już bezskuteczna.
Organy podatkowe, w ramach postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, chcąc sprawdzić autentyczność transakcji podatnika przeprowadzają tzw. kontrolę krzyżową (czynności sprawdzające). Kontrola tego rodzaju do niedawna mogła być przeprowadzona jedynie u bezpośredniego kontrahenta podatnika, tj. u sprzedawcy, od którego podatnik kupił towar lub usługę albo u nabywcy, któremu podatnik sprzedał towar lub usługę.
