Polskie organy podatkowej uważają, że zagraniczny podatek VAT należny jest przychodem, a naliczony kosztem. Sądy orzekają odwrotnie, że nie jest przychodem, a kosztem tylko wtedy, gdy się go nie odzyska. Spory o to trwają od kilku lat i dotyczą każdego polskiego przedsiębiorcy, który działa za granicą i wystawia faktury z tamtejszym podatkiem należnym (np. niemieckim, szwedzkim) oraz otrzymuje dokumenty z wykazanym na nich podatkiem naliczonym.
Zdaniem NSA, w kontekście ustalania różnic kursowych na rachunkach walutowych, o „kursie faktycznie zastosowanym” (wg art. 15a ust. 4 ustawy o PDOP) może być mowa wyłącznie w sytuacji, gdy w istocie doszło do przewalutowania, czyli do wyrażenia w danej walucie wartości pieniężnej określonej pierwotnie w innej walucie. Cechy faktycznego zastosowania kursu nie można odnieść do sytuacji, gdy w istocie nie dochodzi do wskazanej operacji w następstwie sprzedaży lub zakupu określonej waluty.
Naczelny Sąd Administracyjny wydał wyrok, w którym uznał, że przepis art. 6 ust. 1 pkt 10a ustawy o CIT miał na celu zapewnienie możliwości skorzystania ze zwolnienia przez instytucje wspólnego inwestowania posiadające siedzibę w innym państwie członkowskim, które są odpowiednikiem polskich funduszy inwestycyjnych, o których mowa w art. 6 ust. 1 pkt 10 ustawy o CIT. Zagraniczne fundusze mają być więc podobne co do istoty, natomiast nie ma wymogu, aby były identyczne co do struktury i organizacji do funduszy powstałych na gruncie polskich przepisów.
Zgodnie z ogólną zasadą zawartą w art. 21 ust. 1 pkt 2a ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, jeśli polski rezydent podatkowy nabywa od przedsiębiorstwa zagranicznego niektóre usługi: doradcze, księgowe, badania rynku, prawne, reklamowe, zarządzania i kontroli, przetwarzania danych, rekrutacji pracowników i pozyskiwania personelu, gwarancji i poręczeń oraz świadczenia o podobnym charakterze, to przy wypłacie należności za nie musi potrącić zryczałtowany podatek dochodowy wynoszący 20% przychodu.
Na początku 2016 r. zaczną obowiązywać nowe wzory formularzy w podatku dochodowym od osób prawnych, m.in. CIT-6R, CIT-6AR, CIT-9R, CIT-10Z, CIT-11R, CIT-8. Nowe deklaracje będą miały zastosowanie do osiągniętych dochodów (poniesionych strat) od dnia 1 stycznia 2015 r.