Jak podają media cytując urzędników resortu finansów, pod koniec sierpnia 2016 r. wpłynęło ponad 6 tys. elektronicznych informacji na temat ewidencji prowadzonej dla potrzeb VAT. Wszystkie podmioty sektora publicznego oraz szkoły wyższe i jednostki badawcze, które, zgodnie z interpretacją tegoż resortu, też są jakoby dużymi podatnikami (choć są na ten temat inne poglądy prawne), zwolniono z tego obowiązku, bo nie były w stanie mu podołać: nie miały pieniędzy aby dać zarobić firmom informatycznym. Ponoć jest ich około 3 tysięcy, czyli jedna trzecia ogółu. Nikt nie może zrozumieć panującego tu bałaganu, który przy pomocy wątpliwych poglądów narzuca podatnikom obowiązki, a potem z nich zwalnia.
Oddział spółki z siedzibą w innym państwie członkowskim UE, który został za-rejestrowany w danym państwie członkowskim na potrzeby zapłaty podatku VAT i dokonuje głównie wewnętrznych transakcji (niepodlegających opodatkowaniu podatkiem VAT) na rzecz tej spółki, a także sporadycznie czynności opodatkowanych w państwie członkowskim jego rejestracji, ma prawo do odliczenia podatku naliczonego w tym ostatnim państwie, nałożonego na towary i usługi wykorzystywane na potrzeby opodatkowanych czynności wspomnianej spółki dokonywanych w innym państwie członkowskim, w którym spółka ta ma swoją siedzibę.
Do 25 sierpnia 2016 roku przedsiębiorstwa, które zatrudniają przynajmniej 250 osób lub też spełniają kryteria wartościowe dla dużych firm muszą przesłać obligatoryjnie do urzędów skarbowych Jednolity Plik Kontrolny zawierający ewidencję sprzedaży i zakupu VAT. Dodatkowo firmy muszą być przygotowane na przedstawienie struktur obejmujących księgi rachunkowe, magazyny, faktury VAT, podatkową księgę przychodów i rozchodów oraz ewidencję ryczałtową na żądanie organów podatkowych. Obowiązek sporządzania struktur JPK „Wyciąg bankowy", chociaż teoretycznie wciąż spoczywa na podatniku, w praktyce został już przerzucony na banki.
Przedsiębiorcy zobowiązani są do wystawiania faktur w dwóch egzemplarzach, z czego jeden otrzymuje nabywca towaru lub usługi, natomiast drugi zachowuje w swojej dokumentacji sprzedawca. Obowiązujące obecnie przepisy nie wskazują, że faktury należy oznaczać jako “oryginał” i “kopia”. Zdarza się jednak, że sprzedawcy nadal stosują opis oryginał/kopia. Czy jest zatem możliwe odliczenie VAT z faktury, która ma oznaczenie „kopia”?
Użycie samochodu służbowego, o którym mowa w art. 86a ust. 4 pkt 1 ustawy o VAT, dla którego prowadzona jest ewidencja przebiegu pojazdu, użytkowanego przez pracownika nie należącego do kadry kierowniczej, który wyjątkowo może być garażowany w miejscu zamieszkania pracownika, nie stanowi użycia samochodu służbowego w celach prywatnych.
Odliczanie VAT powinno następować według tzw. proporcji sprzedaży. W trakcie roku podatkowego podatnik stosuje proporcję wstępną, wynikającą z poprzedniego roku. Po zakończeniu roku dokonuje się korekty według faktycznej proporcji sprzedaży z danego roku. W przypadku, gdy proporcja przekroczy 98% oraz kwota podatku naliczonego niepodlegająca odliczeniu, wynikająca z zastosowania tej proporcji, w skali roku, jest mniejsza niż 500 zł - podatnik ma prawo uznać, że proporcja ta wynosi 100%.
Dochowanie „należytej staranności” jako warunku odliczenia podatku naliczonego VAT jest ostatnio szczególnie popularnym zagadaniem, a to wobec ogromnej ilości postępowań kontrolnych i podatkowych w sprawie oszustw w tym podatku w związku z mechanizmem tzw. „karuzeli podatkowej”. Mechanizm ten polega na „wkręcaniu” uczciwych podatników przez oszustów do łańcucha transakcji obrotu zazwyczaj tym samym towarem. Towar w tych transakcjach zazwyczaj rzeczywiście występuje, tyle że na niektórych etapach obrotu (zarówno przed tym, na którym występuje wkręcany, jak i po). Niekiedy dochodzi do tego jeszcze dostawa wewnątrzwspólnotowa (WDT), której dokonuje uczciwy podatnik, a nabywca z innego kraju UE zazwyczaj jej zaprzecza lub znika.
