W większości mikro i małych przedsiębiorstw które podlegają pod ustawę o rachunkowości, czyli prowadzą pełną księgowość, polityka rachunkowości dotycząca amortyzacji dostosowana jest do przepisów podatkowych. Jednak zdarza się, że stawki amortyzacyjne, bilansowa i podatkowa, z różnych powodów odbiegają od siebie. Wówczas powstaje kłopot, jak zaewidencjonować takie zdarzenie gospodarcze, aby żaden koszt nie został ominięty.
W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości w wystawianych paragonach, w podatkowej księdze przychodów i rozchodów (pkpir) nie ujmuje się korekt poszczególnych paragonów, a wartości wynikające z raportów dobowych, bądź ich zestawień, pomniejszone, bądź powiększone o sumę wartości korekt poszczególnych paragonów, wynikającą z odrębnej ewidencji, prowadzonej dla celów podatku od towarów i usług. Jeżeli część z błędnie zarejestrowanych na kasie rejestrującej wpłat dotyczy środków pieniężnych nie stanowiących przychodu podatkowego (zaliczek na poczet wykonania przyszłych usług), ww. korekty będą miały również wpływ na kwoty wykazane uprzednio w kolumnie 16 podatkowej księgi przychodów i rozchodów.
Podatnicy prowadzący działalność gospodarczą, opodatkowani wg skali podatkowej PIT mogą skorzystać z odliczeń od dochodu (np. z tytułu przekazanych darowizn, wydatków na Internet), odliczeń od podatku (np. ulga na dziecko), a także z możliwości wspólnego rozliczenia z małżonkiem. Przedsiębiorcy opodatkowani liniowo mogą jedynie zmniejszyć swój dochód o zapłacone składki na ubezpieczenie społeczne, a podatek o składki z tytułu ubezpieczenia zdrowotnego. Płacącym podatek w formie karty podatkowej zostaje tylko odliczenie składek na ubezpieczenie zdrowotne.
Dla celów podatkowych definicja wartości firmy została ujęta w art. 16g ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (dalej jako: „ustawa o CIT”) . Zgodnie z ust. 2 tego artykułu, pojęcie to oznacza dodatnią różnicę między ceną nabycia przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części, ustaloną zgodnie z ust. 3 i 5, albo nominalną wartością wydanych akcji lub udziałów w zamian za wkład niepieniężny a wartością rynkową składników majątkowych wchodzących w skład kupionego, przyjętego do odpłatnego korzystania albo wniesionego do spółki przedsiębiorstwa lub jego lub jego zorganizowanej części odpowiednio z dnia kupna, przyjęcia do odpłatnego korzystania albo wniesienia do spółki.
Przedsiębiorcy w celu zwiększania sprzedaży wypłacają często swym kontrahentom premie pieniężne stanowiące swego rodzaju nagrodę finansową za zakup określonej ilości towarów lub usług, czy też za terminowe dokonywanie płatności za towary i usługi. Często zdarza się, kontrahenci, którym została udzielona premia pieniężna wystawiają z tego tytułu faktury, traktując tę czynność jako świadczenie usług. Udzielający premii mają zaś wątpliwość, czy przysługuje im uprawnienie do odliczenia VAT naliczonego na podstawie takiej faktury.