Dane zawarte w Jednolitym Pliku Kontrolnym (JPK), w pliku .xml, są nieczytelne dla księgowych i prawników, którzy mogliby ocenić ich poprawność. Ustawodawca nie zadbał natomiast o stworzenie narzędzia, które umożliwiałoby dokonanie automatycznej samokontroli JPK. Jak więc wychwycić przypadkowe lub systematyczne błędy, zanim zrobią to urzędnicy?
Z uwagi na ilość i różnorodność działań, które na co dzień realizują przedsiębiorstwa, pliki JPK mogą zawierać ogromną ilość danych, powiązanych z fakturami, zapisami w rejestrach zakupu i sprzedaży VAT, dokumentami magazynowymi, wyciągami bankowymi czy zapisami księgowymi. Jak zatem przygotować i skutecznie dostarczyć organom podatkowym pliki JPK?
20 czerwca 2016 r. minister finansów wydał interpretację ogólną, w której stwierdził, że do podmiotów, prowadzących księgi rachunkowe przy użyciu programów komputerowych, które nie posiadają statusu przedsiębiorcy (chodzi tu m.in. o jednostki samorządu terytorialnego, fundacje, stowarzyszenia), należy odpowiednio zastosować okresy przejściowe do wdrożenia Jednolitego Pliku Kontrolnego, jakie zostały przewidziane dla mikro-, małych i średnich przedsiębiorców.