Kompensata wzajemnych wierzytelności nie wyklucza ubiegania się przez podatnika o zwrot podatku w terminie 25 dni. Tym samym, warunek otrzymania przyspieszonego zwrotu nadwyżki podatku, należy uznać za spełniony także wtedy, gdy w miejsce zapłaty należności z faktury, podatnik i wystawca faktury dokonają wzajemnego potrącenia przysługujących im wierzytelności, gdyż kompensata należności jest dopuszczalną prawnie formą rozliczeń.
Rząd, w walce z przestępcami wyłudzającymi podatek, proponuje żeby prokuratura, policja, ABW lub CBA mogły zablokować zwrot VAT przedsiębiorcy nawet na trzy miesiące. Istnieje ryzyko, że takie rozwiązanie będzie nadużywane i ucierpi na nim wiele uczciwych firm - uważa Rada Podatkowa Konfederacji Lewiatan.
Z przedstawionego dokumentu Komisji Europejskiej dotyczącego podatku VAT wynika, że obecny schemat rozliczania transakcji wspólnotowych ma być zastąpiony takim, w którym transakcje transgraniczne traktowane będą tak, jak transakcje krajowe. Wprowadzenie zmian może ograniczyć skalę nadużyć, m.in. poprzez zmniejszenie liczby podmiotów, które otrzymają zwrot podatku VAT dzięki stosowaniu stawki 0 proc.
Ministerstwo Finansów zapewnia, że organy podatkowe dokładają szczególnej staranności, aby dokonywać zwrotu podatku VAT dla polskich eksporterów w ustawowych terminach oraz nie są zainteresowane nieuzasadnionym przedłużaniem tych terminów, m.in. dlatego, że w przypadku ustalenia, że kwota zwrotu VAT była zasadna, muszą ją zwrócić wraz z odsetkami.
Organy podatkowe nie powinny wydawać decyzji odmawiającej odliczenia VAT jedynie wykazując, że dostawca podatnika był podmiotem nieistniejącym. Konieczne jest wykazanie, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, iż dostawa wiązała się z przestępstwem w zakresie podatku. Organy podatkowe nie mogą jednakże w sposób generalny wymagać od podatnika sprawdzania, czy jego dostawca dysponuje towarami i jest w stanie je dostarczyć. Nie można również wymagać od podatnika weryfikowania, czy jego dostawca wywiązuje się z obowiązku składania deklaracji i zapłaty podatku VAT.