Dokonanie czynności objętej zakresem opodatkowania VAT powoduje konieczność wystawienia faktury. W przypadku natomiast otrzymania zaliczki na poczet wykonania takiej czynności, podatnik jest zobowiązany wystawić fakturą zaliczkową, dokumentującą otrzymaną od kupującego wpłatę. Dodatkowo, gdy została wystawiona więcej niż jedna faktura zaliczkowa dokumentująca otrzymanie części zapłaty, a faktury te obejmują łącznie całą zapłatę, ostatnia z tych faktur musi zawierać również numery poprzednich faktur.
Otrzymanie zaliczki na poczet dostawy towarów lub świadczenia usług powoduje powstanie obowiązku podatkowego w VAT. Jest to podstawowa zasada, od której istnieją nieliczne wyjątki. Pobraną sumę traktuje się wówczas jako kwotę brutto, zawierającą VAT. Natomiast wartość podatku oblicza się według stawki obowiązującej dla danego towaru lub usługi. Problem pojawia się jednak w sytuacjach, gdy dostawa lub świadczenie, na poczet których dokonano wpłaty zaliczki, są opodatkowane różnymi stawkami VAT.
Osoby, które zarabiały za granicą, zobowiązane są dwukrotnie zadbać o rozliczenie podatku. Pierwszy raz dokonują tego za granicą – występując o zwrot nadpłaconych tam w ciągu roku zaliczek. Termin rozliczenia podatku z zagranicy oraz złożenie wymaganych dokumentów zależą w tym wypadku od przepisów kraju, w którym dane osoby zarabiały. Drugi raz obowiązek ten spełnić trzeba przed polskim fiskusem. Dopełnia się go, co do zasady, składając deklarację roczną PIT oraz załącznik PIT/ZG nie później niż 30 kwietnia.