W dniu 26 maja 2011 r. zapadł interesujący wyrok WSA w Poznaniu (sygn. akt I SA/Po 312/11) w sprawie uznania przez organy podatkowe wykrytych w czasie remanentu nadwyżek w magazynie za przychód podatkowy. Jest to wyrok kontrowersyjny, gdyż jest korzystny dla organu podatkowego w sytuacji, gdy wydawałoby się rację ma podatnik. Zdaniem fiskusa nadwyżki te są nieodpłatnym świadczeniem, o których mowa w art. 12 ust. 1 pkt. 2 ustawy o CIT także w sytuacji, gdy nie stanowią świadczenia otrzymanego od innego podmiotu. Dotyczy to np. sytuacji wykrycia błędu pracownika, a nie rzeczywistego odkrycia w magazynie towarów i materiałów otrzymanych nieodpłatnie od dostawców.
Bez względu na to, czy umowy menedżerskie zostaną zawarte w ramach działalności gospodarczej, czy też poza nią, przychody z tytułu ich wykonywania będą zaliczane do przychodów z działalności wykonywanej osobiście i opodatkowane według jednakowych zasad. Zasady te wyłączają możliwość kwalifikowania przychodów z umów menedżerskich, nawet tych, które są zawierane w ramach działalności gospodarczej, jako przychodów z pozarolniczej działalności gospodarczej, a tym samym opodatkowania ich 19% podatkiem liniowym.
Podatnicy, dokonując transakcji jako podmioty powiązane, muszą ocenić, czy nie przekroczą limitów ustawowych. Jeżeli tak się stanie, muszą prowadzić tzw. dokumentację cen transferowych. Ma ona ułatwić organom podatkowym ocenę racjonalności np. zakupu usług między podmiotami powiązanymi oraz sprawdzenie, czy zapłacona cena odbiegała od ceny rynkowej.