Polskie organy podatkowej uważają, że zagraniczny podatek VAT należny jest przychodem, a naliczony kosztem. Sądy orzekają odwrotnie, że nie jest przychodem, a kosztem tylko wtedy, gdy się go nie odzyska. Spory o to trwają od kilku lat i dotyczą każdego polskiego przedsiębiorcy, który działa za granicą i wystawia faktury z tamtejszym podatkiem należnym (np. niemieckim, szwedzkim) oraz otrzymuje dokumenty z wykazanym na nich podatkiem naliczonym.
Rozwiązanie spółki cywilnej lub handlowej niemającej osobowości prawnej powoduje obowiązek opodatkowania towarów własnej produkcji i towarów, które po nabyciu nie były przedmiotem dostawy. W praktyce zdarzają się jednak sytuacje, gdy pomimo opodatkowania towarów ujętych w spisie z natury, w ostatniej składanej deklaracji podatnik wykazuje kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Różnica podatku podlega wówczas zwrotowi na rachunek bankowy, jednak podmiotem uprawnionym do otrzymania zwrotu nie jest już spółka, lecz jej byli wspólnicy.