Należy rozważyć, czy wartość dofinansowania (dotacji) odnosi się do pojęcia wydatków kwalifikowalnych projektu, które można utożsamiać z wynagrodzeniem z tytułu świadczenia usługi szkoleniowej, czy też dotacja ma związek ze sprzedażą konkretnej usługi, stanowi zatem dopłatę do ceny, nie do projektu. Jeżeli otrzymana dotacja odnosi się bezpośrednio do projektu i przeznaczona jest na pokrycie kosztów kwalifikowalnych tego projektu, a nie na pokrycie ceny konkretnej usługi czy towaru, nie wchodzi do podstawy opodatkowania VAT.
4 października 2017 r. Komisja Europejska przedstawiła plany największej od 25 lat, reformy unijnych przepisów dotyczących podatku VAT, która ma mieć miejsce w latach 2019-2022. Modernizacja unijnego VAT jest konieczna, bowiem straty w dochodach z VAT sięgają ponad 150 mld euro rocznie. Zdaniem KE ok. 50 mld euro strat pochodzi z transgranicznych oszustw i wyłudzeń związanych z VAT. Są to być może środki, które zasilają organizacje przestępcze i międzynarodowy terroryzm. KE przewiduje, że kwota tych oszustw mogłaby się zmniejszyć o 80 proc. dzięki proponowanym zmianom.
Wśród dostępnych możliwości dofinasowania działalności B+R, dużym zainteresowaniem cieszą się programy sektorowe, dedykowane dla konkretnych sektorów gospodarki. Zakres tematyczny tych programów jest zawężony, ale mają one tę istotną przewagę, że przy stosunkowo wysokich budżetach, sięgających od 100 do 200 mln zł, konkurencja jest zdecydowanie mniejsza. Dziś pierwsze edycje programów mamy już za sobą, wkrótce rozpoczną się kolejne nabory. W sierpniu Narodowe Centrum Badań i Rozwoju ogłosiło aż trzy programy sektorowe, którym warto się przyjrzeć bliżej.
Ministerstwo Rozwoju informuje, że we wrześniu 2017 roku przedsiębiorcy mogą wziąć udział w 123 konkursach. Szansę na zdobycie unijnych pieniędzy na rozwój swojego biznesu mają zarówno mikro, małe, średnie, jak i duże przedsiębiorstwa. Oferta dotyczy obszaru badawczo-rozwojowego, efektywności energetycznej, wzornictwa firmowego, jak i szkoleń, czy innowacji społecznych.
Ogłoszony przez Komisję Europejską projekt zmian sprawił, że w branży transportowej zawrzało. Pakiet Mobilności, bo o nim mowa, wprowadził wiele niepokoju wśród właścicieli firm oraz samych kierowców. Drżąc przed nieznanym, branża odpycha od siebie wizję modyfikacji zapisów ustawy, traktując je jako zło konieczne. Jednak dokładne analizy propozycji KE i porównanie ich z obecnym stanem prawnym pozwalają wyciągać wnioski zgoła odmienne od ogólnej katastroficznej wizji dla transportu międzynarodowego.
Właściwa ocena czy podatek VAT jest kosztem kwalifikowanym (czyli takim, który może być zrefundowany w ramach dofinansowania) może być trudna, a po jej dokonaniu może okazać się, że z przyczyn niezależnych od beneficjenta jego kwalifikacja ulega zmianie. Problem ten dotyczy przede wszystkim jednostek samorządu terytorialnego, ale także innych podmiotów takich jak jednostki naukowe, organizacje pożytku publicznego czy przedsiębiorców, którzy korzystali z funduszy unijnych i krajowych, a którzy zmienili lub chcą zmienić rodzaj prowadzonej działalności na opodatkowaną VAT, tj. decydują się na komercyjne wykorzystanie powstałej z dotacji infrastruktury.