Zdaniem profesora Witolda Modzelewskiego centralny rejestr faktur niczego dobrego nie przyniesie, a stworzy wiele nowych zagrożeń. Przy pomocy centralnego rejestru faktur będzie np. można zniszczyć każdego przeciwnika. Jak? Bardzo prosto: rejestruje się zupełnie legalną firmę o tej samej nazwie co konkurent, która następnie wystawia tysiące fałszywych faktur i wprowadza je do rejestru (legalnie). Zanim pokrzywdzony wyjaśni, że nie jest wielbłądem, może nie przetrwać najazdu policji i służb skarbowych. Według profesora Modzelewskiego nie mając wiarygodnego wykazu podatników, nie można tworzyć rejestru faktur, bo mnożyć to będzie kolejne fikcje.
W komunikacie prasowym wystosowanym 19 grudnia 2015 roku MF poinformowało, że II kwartał 2016 r. obfitować będzie w kontrole podatkowe, które nakierowane będą na podmioty niepłacące w latach ubiegłych podatku CIT pomimo znacznej dynamiki osiąganych przychodów. Ministerstwo wskazało jednocześnie na możliwość uniknięcia negatywnych konsekwencji planowanych kontroli. Poprzez złożenie odpowiednich korekt przed planowaną akcją kontroli, podatnicy nie tylko unikną nieprzyjemności związanych z postępowaniem podatkowym, ale także zapłacą o połowę mniejsze odsetki od zaległości fiskalnych. Warto w tym miejscu zastanowić się jednak, czy wskazana zachęta odnosi się jedynie do nieprawidłowości związanych z rozliczaniem podatku dochodowego w kontekście cen transferowych.
Nota korygująca wymaga akceptacji wystawcy faktury. Zatem, notę korygującą wystawia się w sytuacji gdy faktura lub faktura korygująca zawiera pomyłki dotyczące jakiejkolwiek informacji wiążącej się zwłaszcza ze sprzedawcą lub nabywcą lub oznaczeniem towaru lub usługi, lecz tylko wtedy jeśli są wadliwości mniejszej wagi. W związku z tym w sytuacji, gdy na fakturze otrzymanej od dostawcy towaru, bądź świadczącego usługę – obok imienia i nazwiska podatnika i jego numeru identyfikacji podatkowej widnieją błędne dane adresowe, to zainteresowany może wystawić taką notę korygującą, która skoryguje adres widniejący na otrzymanej fakturze, ale także może odmówić wystawienia noty korygującej.
Organy podatkowe nie powinny wydawać decyzji odmawiającej odliczenia VAT jedynie wykazując, że dostawca podatnika był podmiotem nieistniejącym. Konieczne jest wykazanie, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, iż dostawa wiązała się z przestępstwem w zakresie podatku. Organy podatkowe nie mogą jednakże w sposób generalny wymagać od podatnika sprawdzania, czy jego dostawca dysponuje towarami i jest w stanie je dostarczyć. Nie można również wymagać od podatnika weryfikowania, czy jego dostawca wywiązuje się z obowiązku składania deklaracji i zapłaty podatku VAT.
