Podatników obowiązuje zasada, że mogą odliczać VAT od zakupów, które są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Zasada ta nie uległa zmianie. Ustawodawca wprowadził natomiast do ustawy o VAT, obok funkcjonującej od dawna proporcji, tzw. preproporcję, która pozwala ustalić, jaka część VAT naliczonego jest związana ze sprzedażą podlegającą VAT, gdy podatnik wykonuje również czynności, które nie stanowią działalności według ustawy o VAT. Dla podatników jest to nowość.
Zdaniem profesora Witolda Modzelewskiego centralny rejestr faktur niczego dobrego nie przyniesie, a stworzy wiele nowych zagrożeń. Przy pomocy centralnego rejestru faktur będzie np. można zniszczyć każdego przeciwnika. Jak? Bardzo prosto: rejestruje się zupełnie legalną firmę o tej samej nazwie co konkurent, która następnie wystawia tysiące fałszywych faktur i wprowadza je do rejestru (legalnie). Zanim pokrzywdzony wyjaśni, że nie jest wielbłądem, może nie przetrwać najazdu policji i służb skarbowych. Według profesora Modzelewskiego nie mając wiarygodnego wykazu podatników, nie można tworzyć rejestru faktur, bo mnożyć to będzie kolejne fikcje.
Nie ma już wątpliwości, że kolejne, najnowsze przepisy, które teraz wchodzą w życie, skutkują dalszym demontażem lub dezorganizacją systemu podatkowego, w tym zwłaszcza podatku od towarów i usług. Najlepszym tego przykładem są wchodzące w życie z dniem 1 stycznia 2016 r. uchwalone jeszcze przez poprzedni Sejm przepisy, których nie można inaczej nazwać jak psuciem prawa – pisze profesor Witold Modzelewski.
Zdaniem organów podatkowych, jeżeli pracownik zwraca następnie pracodawcy pieniądze za służbową benzynę wykorzystaną do jazd prywatnych, to należy to traktować jak odpłatną dostawę paliwa. A to oznacza, że pracodawca powinien zarejestrować ją w kasie fiskalnej wykazując VAT należny od tej dostawy. Okazuje się jednak, że jest sposób na zwolnienie z VAT (i jednocześnie brak obowiązku instalowania kasy fiskalnej) w tym przypadku. Wystarczy, że firma pobiera od pracownika zryczałtowaną kwotę obejmującą paliwo, jak i inne koszty użytkowania samochodu, np. myjnię czy opłaty za parkingi.