Co decyduje o tym, czy wynagrodzenie stanowi koszt kwalifikowany, a więc taki, który dodatkowo, w ramach ulgi na badania i rozwój, można odliczyć od przychodu. Zdaniem dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej o odliczeniu kosztów pracowniczych nie decydują zapisy w umowie o pracę, a liczy się faktyczna realizacja zadań badawczo-rozwojowych.
Bezpośrednio do kosztów uzyskania przychodów można zaliczyć wydatki poniesione na remont nieruchomości, jeżeli w istocie wydatki te będą mieć wyłącznie charakter wydatków remontowych. Natomiast wydatki o charakterze ulepszeniowym, a więc wydatki poniesione na adaptację nieruchomości, w celu dostosowania jej do potrzeb prowadzonej działalności gospodarczej, wykraczające poza zakres definicji „remontu”, stanowić będą inwestycję w „obcym środku trwałym”.
Minister Rozwoju i Finansów przygotował projekt nowelizacji ustaw o: PIT, CIT i ryczałcie od przychodów ewidencjonowanych, zgodnie z którym koszt podatkowy będzie powstawał w tym samym dniu, w którym obciąży on wynik finansowy firmy, zgodnie z przyjętymi zasadami rachunkowości. Zmiana ta (ma wejść w życie od 1 stycznia 2018 r.) nie będzie dotyczyć podatników, którzy rozliczają się na podstawie podatkowej księgi przychodów i rozchodów, a jedynie prowadzących tzw. pełną rachunkowość (księgi rachunkowe).
Dokonywanie rozliczeń gotówkowych nadal jest popularne wśród wielu przedsiębiorców. Dotyczy to nie tylko drobnych płatności, które nie są przeprowadzane za pośrednictwem rachunku bankowego, ale także czynszu za wynajem lokalu. Zgodnie z kontrowersyjnym podejściem organów do regulacji obowiązującej od 1 stycznia 2017 roku, w przypadku zawarcia umowy najmu na czas określony - gdy znana jest wysokość czynszu za wszystkie, przewidziane w umowie okresy rozliczeniowe i suma ta przekracza 15.000 zł – płatności powinny być dokonywane za pośrednictwem rachunku bankowego, pod rygorem niemożności zaliczenia wydatku do kosztów uzyskania przychodów.
Pracownik, który w ramach obowiązków wynikających ze stosunku pracy wykonuje pracę twórczą, w efekcie której powstają dzieła stanowiące utwory w rozumieniu przepisów ustawy o prawie autorskim i prawach pokrewnych, ma prawo do 50% kosztów uzyskania przychodów. Warunkiem stosowania podwyższonych kosztów jest prowadzenie przez pracodawcę ewidencji czasu pracy, z której wynika, ile godzin pracy w ciągu każdego miesiąca pracownik poświęca na działalność twórczą.
Przedsiębiorcy, którzy rozliczają się z kontrahentami w formie gotówkowej muszą wiedzieć, że od 1 stycznia 2017 roku limit transakcji, które można przeprowadzać bez korzystania z rachunku płatniczego (np. rachunku bankowego), zostanie zmniejszony z obecnych 15 tys. euro do 15 tys. złotych. Przekroczenie tego limitu skutkuje brakiem możliwości zaliczenia takiego "gotówkowego" wydatku do kosztów uzyskania przychodów. Natomiast nadal będzie możliwe regulowanie zobowiązań, także w kwocie przekraczającej 15 tys. zł w drodze kompensaty, nettingu lub stosowanie transakcji barterowych, albo innych niż płatność form regulowania zobowiązania, bez sankcji w postaci braku możliwości zaliczenia takich wydatków do kosztów uzyskania przychodu.