Zdaniem sądu administracyjnego nie powinno się odmawiać podatnikowi prawa do odliczenia VAT nie tylko wtedy, gdy nieprawidłowości dotyczą wcześniejszej lub późniejszej transakcji, ale nawet wtedy, gdy dotyczą one bezpośrednio transakcji zakupu zawartej przez tego podatnika, czyli tej transakcji, której dotyczy podatek naliczony do odliczenia, pod warunkiem jednak, że na podstawie obiektywnych przesłanek nie da się stwierdzić, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, że zawierana przez niego transakcja zakupu wiązała się z przestępstwem popełnionym przez wystawcę faktury.
Podatnicy dokonujący sprzedaży dla osób fizycznych (tzw. konsumentów) co do zasady ewidencjonują tę sprzedaż dla celów podatkowych za pomocą kas fiskalnych. Nierzadko jednak zdarzają się sytuacje, w których zakupu w takich jednostkach dokonują przedsiębiorcy prowadzący działalność gospodarczą. Dla nich właściwym dokumentem zakupu jest faktura. W takim przypadku w praktyce ostatnich 26 lat niezmiennie panowała zasada, zgodnie z którą można było łatwo wymienić paragon na fakturę. Co najważniejsze, nie powodowało to dla sprzedawców zdublowania sprzedaży. Od 1 stycznia 2020 r. podatnicy posługujący się NIP, dokonując zakupów w placówkach detalicznych, są zmuszeni przekazywać informację o żądaniu wystawienia im faktury, zanim zostanie wydrukowany paragon fiskalny, a w przypadku niektórych kas - zanim zacznie się ewidencjonowanie transakcji.
Od 1 stycznia 2020 r., gdy sprzedaż została zaewidencjonowana na kasie rejestrującej, sprzedawca będzie mógł wystawić fakturę z NIP kupującego tylko wtedy, gdy NIP ten był podany na paragonie. Do końca roku pozostało niewiele czasu, aby przygotować się do zmian. Należy przeszkolić pracowników, aby odmawiali wystawiania faktur z NIP nabywcy, gdy nie było go na paragonie. Natomiast dokonując zakupów, pracownicy muszą pamiętać o informowaniu sprzedawcy przed rozpoczęciem ewidencjonowania, że potrzebują faktury z NIP (jeśli dokonują zakupów jako podatnicy). Naruszenie tych zasad będzie zagrożone surowymi sankcjami.
Niejednokrotnie podatnicy otrzymują faktury w różnych formach. Część z nich jest fakturami elektronicznymi, inne z kolei są fakturami tradycyjnymi, a więc doręczanymi w formie papierowej.
W takiej sytuacji podatnicy, obowiązani do przechowywania otrzymanych faktur, na ogół zachowują je w tej samej formie, w której je otrzymali. Jednakże czy uzyskanie faktury w określonej formie determinuje obowiązek jej przechowywania wyłącznie w tej postaci?
Faktura jest podstawowym dokumentem potwierdzającym dokonanie transakcji opodatkowanej podatkiem od towarów i usług (VAT). Posiadanie faktury, co do zasady, warunkuje możliwość odliczenia podatku naliczonego w niej zawartego i tym samym pozwala na realizację zasady neutralności VAT. Ministerstwo Finansów udzieliło obszernych wyjaśnień odnośnie wystawiania faktur, ich formy, elementów jakie faktury powinny zawierać, a także rodzajów faktur, terminów ich wystawienia oraz sposobu ich przechowywania.
Zakresu ochrony prawnej, wynikający z wydanej interpretacji podatkowej, nie może być zawężony - tak uznał Naczelny Sąd Administracyjny. Sąd powołał się na zasadę demokratycznego państwa prawa, zasadę zaufania do organów i stwierdził, że takie podejście do interpretacji oznaczałoby, że stosowanie prawa jest pułapką dla podatnika.
Organ podatkowy odmówił wydania interpretacji, stwierdzając, że wniosek o jej wydanie nie dotyczy przepisów prawa podatkowego. Sąd uznał jednak inaczej, wskazując, że pojęcia „przepisy prawa podatkowego”, o którym mowa w Ordynacji podatkowej, nie można ograniczać wyłącznie do ustaw, które w swoim tytule zawierają takie pojęcie.
