Do kosztów uzyskania przychodów nie mogą być zaliczane wydatki na kształcenie (czesne), które zostały poniesione na długo przed uruchomieniem działalności gospodarczej. W przypadku jednak, gdy za naukę płaci osoba prowadząca firmę, wydatki na kształcenie może zaliczyć do kosztów, jeśli występuje związek między kierunkiem kształcenia a działalnością gospodarczą. Takie rozwiązanie jest korzystne zwłaszcza dla osób, które uruchomiły działalności jeszcze na studiach.
Ministerstwo Finansów bardziej szczegółowo zbada, czy transakcje i zmiany organizacyjne w ramach jednej grupy mają uzasadnienie biznesowe, czy służą jedynie korzyści podatkowej. Najbardziej narażone na kontrolę są firmy, które dokonują transakcji z podmiotami zagranicznymi, w szczególności mającymi siedzibę lub zarząd w krajach, gdzie obowiązują niższe stawki podatkowe niż w Polsce.
Kiedy w księdze przychodów i rozchodów ująć fakturę na zakup materiałów lub towarów handlowych, jeżeli fakturę tę otrzymano wcześniej, niż ww. materiały/towary? Czy z dokonaniem wpisu należy poczekać do momentu otrzymania materiałów/towarów? W którym miesiącu zaliczyć wydatek do kosztów uzyskania przychodów – w miesiącu wystawienia faktury, czy otrzymania materiałów/towar (gdy miesiące te są inne)? Czy ma znaczenie, czy miesiąc, w którym wystawiono fakturę, jest już „zamknięty”? Powyższe rodzi wątpliwości zwłaszcza w związku z istniejącą od 1 stycznia 2014 r. możliwością wystawiania faktur 30 dni przed dokonaniem dostawy towarów.