Nie można pozbawić prawa odliczenia VAT naliczonego podatnika VAT, który mimo zachowania należytej staranności nie wiedział i nie mógł wiedzieć, że w ramach danej transakcji dostawca dopuścił się przestępstwa lub że inna transakcja w łańcuchu dostaw, dokonana przed transakcją przeprowadzoną przez owego podatnika lub po niej, miała miejsce z naruszeniem przepisów o podatku VAT. Problem w tym, że przepisy nie określają standardów owej należytej staranności, a praktyka organów podatkowych jest różna. Ministerstwo Finansów przygotowuje listę działań świadczących o należytej staranności i dobrej wierze podatnika VAT.
Wynajem służbowego samochodu pracownikowi, nawet na warunkach rynkowych, przekreśla możliwość odliczenia pełnego VAT - tak uznał NSA w dwu wyrokach. Sąd orzekł, że taki wynajem nie jest działalnością gospodarczą i nie daje pewności, że pojazd będzie wykorzystywany wyłącznie dla tych celów. Należy więc przyjąć, że samochód jest wykorzystywany w sposób mieszany.
Pracownicy otrzymują od swoich pracodawców różnego rodzaju świadczenia. Na sposób rozliczenia VAT z tego tytułu wpływa m.in. to, czy obowiązek spełnienia danego świadczenia wynika z odrębnych przepisów (głównie prawa pracy), czy też jest to świadczenie wynikające z dobrej woli pracodawcy. Nie bez znaczenia, dla właściwego rozliczenia podatku od świadczeń dokonanych na rzecz pracowników, jest również źródło finansowania wydatków. Mimo że przepisy w tym zakresie od dawna nie uległy zmianie, organy podatkowe często zmieniają swoje stanowiska na temat rozliczenia tych świadczeń.
18 stycznia 2017 r. Trybunał Sprawiedliwości UE wydał wyrok, w którym orzekł, że kwoty, jakie otrzymują artyści i wydawcy z tytułu opłat reprograficznych, nie podlegają opodatkowaniu podatkiem VAT. Zdaniem Janiny Fornalik, partnera w firmie doradczej MDDP skutki tego wyroku mogą być skomplikowane. Niektórzy podatnicy będą mogli odzyskać VAT, ale niektórzy będą musieli zwrócić wcześniej odliczony VAT.
Podatnik VAT, który prowadzi działalność mieszaną inaczej odlicza VAT z faktur dokumentujących jego zakupy, w sytuacji gdy tego, co kupuje, używa zarówno do czynności opodatkowanych, jak i do zwolnionych. Dotyczy to przykładowo faktur za internet, czy usługi księgowe.
Oddział spółki z siedzibą w innym państwie członkowskim UE, który został za-rejestrowany w danym państwie członkowskim na potrzeby zapłaty podatku VAT i dokonuje głównie wewnętrznych transakcji (niepodlegających opodatkowaniu podatkiem VAT) na rzecz tej spółki, a także sporadycznie czynności opodatkowanych w państwie członkowskim jego rejestracji, ma prawo do odliczenia podatku naliczonego w tym ostatnim państwie, nałożonego na towary i usługi wykorzystywane na potrzeby opodatkowanych czynności wspomnianej spółki dokonywanych w innym państwie członkowskim, w którym spółka ta ma swoją siedzibę.
Przedsiębiorcy zobowiązani są do wystawiania faktur w dwóch egzemplarzach, z czego jeden otrzymuje nabywca towaru lub usługi, natomiast drugi zachowuje w swojej dokumentacji sprzedawca. Obowiązujące obecnie przepisy nie wskazują, że faktury należy oznaczać jako “oryginał” i “kopia”. Zdarza się jednak, że sprzedawcy nadal stosują opis oryginał/kopia. Czy jest zatem możliwe odliczenie VAT z faktury, która ma oznaczenie „kopia”?
