Podatników obowiązuje zasada, że mogą odliczać VAT od zakupów, które są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Zasada ta nie uległa zmianie. Ustawodawca wprowadził natomiast do ustawy o VAT, obok funkcjonującej od dawna proporcji, tzw. preproporcję, która pozwala ustalić, jaka część VAT naliczonego jest związana ze sprzedażą podlegającą VAT, gdy podatnik wykonuje również czynności, które nie stanowią działalności według ustawy o VAT. Dla podatników jest to nowość.
Organy podatkowe zwykle uznawały, że osoba prowadząca działalność gospodarczą nie może odliczyć wydatków na dokształcanie się, w tym studia, jeśli zostały one rozpoczęta przed uruchomieniem firmy. Jeśli jednak nauka odbywała się już w trakcie prowadzenia działalności, wówczas zazwyczaj fiskus wyrażał zgodę na wpisanie czesnego w koszty. Pod warunkiem jednak, że można było wykazać związek między kierunkiem nauki a przychodami – również przyszłymi - firmy. Innymi słowy, przedsiębiorca studiujący filozofię raczej nie miał szans na wpisanie czesnego do kosztów firmy.
Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej w dniu 22 października 2015 r. wydał orzeczenie, które może okazać się bardzo ważne dla podatników, którym organy podatkowe podważyły prawo do odliczenia podatku VAT. Trybunał uznał, że organy podatkowe nie mogą w sposób generalny wymagać, żeby podatnik badał, czy wystawca faktury za towary lub usługi, których odliczenie ma dotyczyć, dysponuje danymi towarami i czy jest w stanie je dostarczyć oraz czy wywiązuje się z obowiązku złożenia deklaracji i zapłaty podatku VAT, w celu upewnienia się, że podmioty działające na wcześniejszych etapach obrotu nie dopuszczają się nieprawidłowości lub przestępstwa, albo żeby podatnik ten posiadał potwierdzające to dokumenty.
Podatnicy prowadzący działalność gospodarczą w nieruchomościach niebędących ich własnością, stają często przed koniecznością poniesienia określonych nakładów na te nieruchomości. Konieczność poniesienia tego typu nakładów pojawia się zazwyczaj w momencie podjęcia działalności w nowej siedzibie, uruchomienia nowej placówki handlowej, otwarcia nowego oddziału lub filii, itd. W tego typu sytuacjach pojawia się pytanie, w jaki sposób poniesione nakłady powinny zostać potraktowane dla celów podatku dochodowego (CIT lub PIT)?
Sportowcy mogą legalnie uprawiać swój zawód jako firma, jeśli zarejestrują działalność gospodarczą. Jaką z tego mogą mieć korzyść? Skrajny przykład: gdyby któryś powtórzył sukces Agnieszki Radwańskiej, to od dwóch milionów dolarów musiałby zapłacić sporo ponad dwa miliony złotych podatku, a prowadząc działalność - 1,5 mln. zł. W skrajnych sytuacjach korzyści mogą więc być liczone w setkach tysięcy złotych. Jednak nawet przy znacznie mniej spektakularnych zarobkach rozliczanie się jako firma może okazać się dużo korzystniejsze. Będąc firmą, sportowiec może wybrać podatek liniowy 19-proc. i niezależnie od wysokości wpływów płacić stałą stawkę.
Jeżeli nabywane opcje walutowe zabezpieczały ryzyko kursowe związane z prowadzoną przez podatnika działalnością gospodarczą należy uznać, iż nabycie to służyło ,,zachowaniu i zabezpieczeniu źródła przychodów". W takiej sytuacji wydatki jakie podatnik poniósł w związku z zawarciem i rozliczeniem kontraktów, w tym koszty uzyskania i obsługi kredytów zaciągniętych celem spłaty zobowiązań wynikających z przedterminowego rozwiązania kontraktów, podlegają zaliczeniu do kosztów uzyskania przychodów. Natomiast w sytuacji, gdy nabycie to miało wyłącznie cel zarobkowy (spekulacyjny) wydatki takie nie stanowią kosztów uzyskania przychodów.
Paczki świąteczne wydawane pracownikom oraz dla członków ich rodzin mogą mieć charakter świadczenia regulaminowego, które może być ustanowione przez pracodawcę w drodze regulacji wewnętrznych, tj. ustawy o zakładowym funduszu świadczeń socjalnych (ZFŚS), ale też ustawy Kodeks pracy (k.p.), informującego o zapewnieniu przez pracodawcę świadczeń materialnych i bytowych pracownikom, stosownie do posiadanych możliwości pracodawcy; czy też na podstawie regulacji związkowych (z funduszy związkowych), o ile takie związki i fundusze są u pracodawcy tworzone.
Organy podatkowe nie powinny wydawać decyzji odmawiającej odliczenia VAT jedynie wykazując, że dostawca podatnika był podmiotem nieistniejącym. Konieczne jest wykazanie, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, iż dostawa wiązała się z przestępstwem w zakresie podatku. Organy podatkowe nie mogą jednakże w sposób generalny wymagać od podatnika sprawdzania, czy jego dostawca dysponuje towarami i jest w stanie je dostarczyć. Nie można również wymagać od podatnika weryfikowania, czy jego dostawca wywiązuje się z obowiązku składania deklaracji i zapłaty podatku VAT.
Podatnik, który chce odliczyć VAT nie musi badać, czy wystawca faktury za towary lub usługi, których odliczenie ma dotyczyć, dysponuje danymi towarami i jest w stanie je dostarczyć oraz czy wywiązuje się z obowiązku złożenia deklaracji i zapłaty podatku VAT. Trybunał Sprawiedliwości UE wydał 22 października 2015 r. wyrok, zgodnie z którym nie można odmówić prawa do odliczenia VAT, jeśli była dostawa, a tylko nie da się ustalić, kto był sprzedawcą. Urzędnicy musieliby wykazać, że kupujący faktycznie nie dochował należytej staranności.
