Polskie organy podatkowej uważają, że zagraniczny podatek VAT należny jest przychodem, a naliczony kosztem. Sądy orzekają odwrotnie, że nie jest przychodem, a kosztem tylko wtedy, gdy się go nie odzyska. Spory o to trwają od kilku lat i dotyczą każdego polskiego przedsiębiorcy, który działa za granicą i wystawia faktury z tamtejszym podatkiem należnym (np. niemieckim, szwedzkim) oraz otrzymuje dokumenty z wykazanym na nich podatkiem naliczonym.
Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 29 stycznia 2016 r., (sygn. akt II FSK 3178/13) rozstrzygnął kwestię tego, jak należy interpretować termin ,,wartość zadłużenia”, o którym mowa w art. 16 ust. 1 pkt 60 i 61 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (przepisy dot. tzw. cienkiej kapitalizacji). W orzecznictwie sporne jest, czy przez to określenie rozumieć trzeba jedynie wartość pożyczek czy też wszystkich zobowiązań wobec podmiotu powiązanego.
Wskutek połączenia, spółka przejmująca staje się właścicielem aktywów innej spółki i wypracowanego przez nią know-how, dzięki któremu może np. zreorganizować kadrę pracowniczą, zmniejszyć koszty administracyjne oraz zwiększyć lub zróżnicować produkcję. To w rezultacie daje przewagę konkurencyjną na rynku. Dodatkowo jednym z najpowszechniejszych skojarzeń związanych z restrukturyzacją spółek jest kwestia podatkowa, jak np. odliczenie straty, kontynuacja odpisów amortyzacyjnych, czy też brak uznania za dochód nadwyżki przejętego majątku.
Wprowadzana do Ordynacji podatkowej klauzula przeciwko unikaniu opodatkowania ma dotyczyć zarówno małych, średnich, jak i dużych podatników bez wyjątku, gdy zostanie osiągnięta korzyść podatkowa powyżej określonego progu. Przesłanką do wszczęcia postępowania wobec podatnika będzie zaistnienie podejrzenia dokonania czynności przede wszystkim w celu osiągnięcia korzyści podatkowej. Natomiast wydane indywidualne interpretacje podatkowe nie będą miały mocy ochronnej, jeżeli fiskus uzna, że stanowią element działania zmierzającego do unikania opodatkowania.
Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej rozsądzi, czy jego korzystne wyroki dają podatnikom prawo do zwrotu nienależnie pobranej daniny, nawet gdy zapadły już po przedawnieniu roszczeń. To niezwykle ważne dla podatników, bo TSUE zwykle orzeka po latach, co może skutkować tym, że część z nich nie odzyska już swoich pieniędzy, mimo że zapłaciła podatek nienależnie.
Naczelny Sąd Administracyjny kontynuuje linię orzeczniczą, zgodnie z którą premie i nagrody wypłacane pracownikom z dochodów spółki po jej opodatkowaniu, stanowią koszt uzyskania przychodu. W uchwale 7 sędziów z 1 lutego 2016 roku powtórzył korzystną dla przedsiębiorców interpretację przepisów wedle której są to wydatki odliczane od przychodów, a więc zmniejszające dochód przed opodatkowaniem. W tej samej uchwale NSA zaznaczył też, że nie są kosztem uzyskania przychodów składki na ubezpieczenie społeczne oraz na Fundusz Pracy i na inne fundusze celowe utworzone na podstawie odrębnych ustaw - od nagród i premii, wypłacanych w gotówce lub w papierach wartościowych z dochodu po opodatkowaniu podatkiem dochodowym.
