Zdaniem Rzecznika Praw Obywatelskich zasada demokratycznego państwa prawnego (określona w art. 2 Konstytucji RP) wymaga, aby zawieszenie biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego miało swoje uzasadnienie w stanie faktycznym. Chodzi o to, aby odmiennie traktować podatników, którzy nie popełnili czynu zabronionego oraz tych, którzy takiego czynu się dopuścili. Niezgodne z Konstytucją (wg opinii RPO) są przepisy Ordynacji podatkowej, służące do wszczynania postępowań karnoskarbowych w celu zawieszenia biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Taki jest wniosek Rzecznika do Trybunału Konstytucyjnego w sprawie skargi konstytucyjnej obywatela dotkniętego tymi przepisami. Już w 2014 r. RPO zaskarżył te przepisy do TK, wnosząc o stwierdzenie ich niekonstytucyjności - dotąd TK nie wydał orzeczenia w tej sprawie. RPO uważa, że przepisy te skutkują niepewnością obywateli, którzy nie wiedzą, czy ich zobowiązania podatkowe wygasły.
W Ordynacji podatkowej przyjęto zasadę równej mocy środków dowodowych. Oznacza to, że taką samą moc dowodową ma zeznanie świadka, wyjaśnienie na piśmie, opinia biegłego, oryginał dowodu księgowego czy poświadczona „za zgodność z oryginałem” kserokopia. Nie ma więc żadnych przesłanek ku temu, by dowód z zeznań świadków traktować gorzej niż dowód w postaci ich oświadczenia złożonego na piśmie.
Organy podatkowe mają obowiązek kontrolować m.in. czy podatnicy nie zawyżają kosztów uzyskania przychodu, a tym samym, czy celowo nie zmniejszają podstawy opodatkowania. W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości podatnik ma prawo do złożenia korekty (deklaracji, zeznania podatkowego), a jeżeli korekta nie zostanie złożona, organ wyda decyzję wymiarową w postępowaniu podatkowym.
Zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem pięciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. W odniesieniu do podatku VAT instytucja przedawnienia ma zastosowanie do każdego z osobna rozliczenia, niezależnie od jego wyniku, tj. zarówno do rozliczeń, w których obowiązek podatkowy przekształcił się w zobowiązanie podatkowe, jak i w przypadku prawa do odliczenia.
Przepisy unijne nie stoją na przeszkodzie, w kontekście zasady skuteczności ścigania w sprawach przestępstw z dziedziny podatku VAT, stosowaniu przez sąd krajowy przepisu krajowego stanowiącego, że należy odrzucić w postępowaniu podatkowym dowody, takie jak nagrania z podsłuchów telefonicznych, wymagające uprzedniej zgody sądu - tak orzekł Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej.
Zgodnie z przepisami ordynacji podatkowej bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. Przy czym, żeby wszczęcie postępowania wywołało wskazany skutek, warunkiem koniecznym jest zawiadomienie o tym fakcie podatnika przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania.
W projekcie nowej Ordynacji podatkowej, która ma wejść w życie w 2020 r., zaprezentowano sporo zmian dotyczących procedury podatkowej. Wiele propozycji, zdaniem przedsiębiorców z BCC, można ocenić pozytywnie i powinny przyczynić się do szybszego załatwiania spraw w postępowaniach podatkowych i uprościć niektóre niejasne kwestie. Wprowadzono jednak również nowe instytucje, które mogą rodzić wątpliwości i okazać się nieskutecznym rozwiązaniem.
Zbyt długi okres przedawnienia, bezzasadna podwyżka opłat za wydanie interpretacji, niejasne zasady współpracy z fiskusem – to tylko niektóre uwagi ministerstw, instytucji publicznych i organizacji. Krajowa Rada Doradców Podatkowych uznała wręcz, że projekt nowej ordynacji podatkowej, mimo właściwych założeń, „nie odpowiada aktualnym wyzwaniom i problemom związanym ze stosowaniem obecnych przepisów”.
Z przepisów podatkowych wynika, że zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem pięciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Okazuje się jednak, jak zauważa ekspert Grant Thornton, że organy podatkowe kwestionują podatek VAT z przeniesienia w wysokości zadeklarowanej w deklaracji za kolejny okres rozliczeniowy, mimo iż zobowiązanie uległo przedawnieniu.
Naczelny Sąd Administracyjny twierdzi konsekwentnie, że dla ustalenia, czy skutek decyzji w postaci określenia zobowiązania podatkowego nastąpił przed upływem terminu przedawnienia, istotna jest data doręczenia decyzji, a nie jej wydania. Niestety, organom podatkowym nadal zdarza się wydawać decyzje określające zobowiązanie podatkowe mimo upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale (podjętej w składzie 7 sędziów) 18 czerwca 2018 r. (sygn. akt I FPS 1/18) orzekł, że zawiadomienie podatnika na podstawie art. 70c Ordynacji podatkowej informujące, że z określonym co do daty dniem, „na skutek przesłanki z art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej” nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego podatnika za wskazany okres rozliczeniowy, jest wystarczające do stwierdzenia, że nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia tego zobowiązania na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej.
26 lutego 2018 r. NSA wydał uchwałę (sygn. akt I FPS 5/17). Uchwałę ważną dla podatników, wobec których toczy się postępowanie egzekucyjne. Zgodnie z nią w przypadku przerwania biegu terminu przedawnienia na skutek zastosowania środka egzekucyjnego na podstawie ostatecznej decyzji określającej zobowiązanie podatkowe, która następnie została uchylona przez sąd, a sprawa przekazana do ponownego rozpoznania, skutek w postaci przerwania biegu terminu przedawnienia upada. W związku z tym dochodzi do sytuacji, w której nigdy de facto nie doszło do przerwania biegu terminu przedawnienia, a zatem zobowiązanie podatkowe przedawnia się na zasadach ogólnych (co do zasady 5 lat liczone od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku).
