W większości mikro i małych przedsiębiorstw które podlegają pod ustawę o rachunkowości, czyli prowadzą pełną księgowość, polityka rachunkowości dotycząca amortyzacji dostosowana jest do przepisów podatkowych. Jednak zdarza się, że stawki amortyzacyjne, bilansowa i podatkowa, z różnych powodów odbiegają od siebie. Wówczas powstaje kłopot, jak zaewidencjonować takie zdarzenie gospodarcze, aby żaden koszt nie został ominięty.
W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości w wystawianych paragonach, w podatkowej księdze przychodów i rozchodów (pkpir) nie ujmuje się korekt poszczególnych paragonów, a wartości wynikające z raportów dobowych, bądź ich zestawień, pomniejszone, bądź powiększone o sumę wartości korekt poszczególnych paragonów, wynikającą z odrębnej ewidencji, prowadzonej dla celów podatku od towarów i usług. Jeżeli część z błędnie zarejestrowanych na kasie rejestrującej wpłat dotyczy środków pieniężnych nie stanowiących przychodu podatkowego (zaliczek na poczet wykonania przyszłych usług), ww. korekty będą miały również wpływ na kwoty wykazane uprzednio w kolumnie 16 podatkowej księgi przychodów i rozchodów.
Minister Finansów wydał 30 marca 2012 r. interpretację ogólną dotyczącą opodatkowania podatkiem VAT dostawy i montażu sprzętu medycznego. Minister uznał, że niezależnie od treści zawartej umowy, dostawa wyrobu medycznego, podlega obecnie opodatkowaniu 8% stawką VAT. Natomiast prace polegające na dostosowaniu (adaptacji, przebudowy, rozbudowy itp.) pomieszczeń szpitala prowadzone w związku z dostawą ww. wyrobu medycznego nie korzystają, co do zasady, z preferencji podatkowej i podlegają opodatkowaniu według podstawowej stawki VAT (obecnie 23%).
Zdaniem Ministra Finansów podawane do spożycia „na miejscu” w kawiarniach i innych lokalach gastronomicznych kawy (lub herbaty), także te z dodatkiem mleka (np. cappuccino, czy latte) są obciążone 23% stawką VAT. Ale przy sprzedaży tych napojów „na wynos”, właściwa jest stawka 5% VAT. Są jednak interpretacje podatkowe wskazujące, że w przypadku tych napojów, których zasadniczym (przeważającym) składnikiem jest mleko, a dodatkowym składnikiem napar kawowy – stawką właściwą jest 8% VAT (bo te napoje nie spełniają definicji „kawy”).
Podatnicy prowadzący działalność gospodarczą, opodatkowani wg skali podatkowej PIT mogą skorzystać z odliczeń od dochodu (np. z tytułu przekazanych darowizn, wydatków na Internet), odliczeń od podatku (np. ulga na dziecko), a także z możliwości wspólnego rozliczenia z małżonkiem. Przedsiębiorcy opodatkowani liniowo mogą jedynie zmniejszyć swój dochód o zapłacone składki na ubezpieczenie społeczne, a podatek o składki z tytułu ubezpieczenia zdrowotnego. Płacącym podatek w formie karty podatkowej zostaje tylko odliczenie składek na ubezpieczenie zdrowotne.