Podatnicy mają kłopoty z płaceniem kartami płatniczymi za podatki mimo, że taką możliwość przewiduje od 1 stycznia 2016 r. znowelizowana Ordynacja podatkowa. Problem tkwi w tym, że podatnika obciążają koszty opłat i prowizji związanych z taką zapłatą (opłata interchange, opłata na rzecz organizacji kartowej, czy marża agenta rozliczeniowego). Ale w praktyce najczęściej tych opłat nie można uiścić elektronicznie, a jedynie gotówką.
Wydanie weksla stanowi uregulowanie należności, w myśl przepisów ustawy o VAT, a tym samym, podatnik wystawiając i wręczając wierzycielowi weksel własny, przed upływem terminu, po upływie którego byłby zobowiązany do korekty podatku VAT, nie będzie zobowiązany do dokonania korekty podatku naliczonego z tytułu zakupu składników majątkowych.
W praktyce gospodarczej uzyskanie opieczętowanego i opatrzonego podpisami zarówno przewoźnika, jak i nabywcy listu przewozowego, potwierdzającego dostawę towaru do nabywcy, jest w wielu przypadkach znacznie utrudnione. Minister Finansów w wydanej interpretacji potwierdził, że dopuszczalne są również inne sposoby i formy dokumentowania dostawy, w tym m.in. dokumentowanie dostawy oświadczeniem odbiorcy towaru i w formie skanu przesyłanym mailem do dostawcy towaru.
Przedsiębiorcy bardzo często mają wątpliwości dotyczące rozliczania na gruncie VAT kosztów zakupu paliwa za granicą. Zasadniczą kwestią pozostaje odpowiedź na pytanie, czy zakupienie paliwa wlewanego na zagranicznej stacji do baku naszego samochodu, w tym w ramach kart paliwowych, podlega opodatkowaniu w kraju, w którym je nalewamy, czy też w Polsce na zasadach wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów?
Właściwa ocena czy podatek VAT jest kosztem kwalifikowanym (czyli takim, który może być zrefundowany w ramach dofinansowania) może być trudna, a po jej dokonaniu może okazać się, że z przyczyn niezależnych od beneficjenta jego kwalifikacja ulega zmianie. Problem ten dotyczy przede wszystkim jednostek samorządu terytorialnego, ale także innych podmiotów takich jak jednostki naukowe, organizacje pożytku publicznego czy przedsiębiorców, którzy korzystali z funduszy unijnych i krajowych, a którzy zmienili lub chcą zmienić rodzaj prowadzonej działalności na opodatkowaną VAT, tj. decydują się na komercyjne wykorzystanie powstałej z dotacji infrastruktury.