Metoda obrotowa stosowania preproporcji, w przeciwieństwie do niewprowadzonej do ustawy o podatku od towarów i usług metody przychodowej, skupiać się musi na czynnej sferze działalności podatników, tj. wykonywanych czynnościach, aktywnościach stanowiących działalność gospodarczą, a nie na stronie biernej, czyli otrzymywanych z różnych tytułach przychodach. Te stanowią wyłącznie kategorię pomocniczą do zastosowania tej metody i nie można brać pod uwagę tych z nich, które związane są z prowadzeniem działalności gospodarczej w rozumieniu tej ustawy.
Użycie samochodu służbowego, o którym mowa w art. 86a ust. 4 pkt 1 ustawy o VAT, dla którego prowadzona jest ewidencja przebiegu pojazdu, użytkowanego przez pracownika nie należącego do kadry kierowniczej, który wyjątkowo może być garażowany w miejscu zamieszkania pracownika, nie stanowi użycia samochodu służbowego w celach prywatnych.
Uszczelnienie poboru podatku VAT, przede wszystkim w związku z obrotem paliwami ciekłymi, to cel projektu nowelizacji ustawy o VAT, który rząd przyjął podczas posiedzenia w dniu 24 maja. Ministerstwo Finansów szacuje, że budżet zyska na tym rozwiązaniu około 2,5 mld zł rocznie. Nowe regulacje mają obowiązywać od 1 sierpnia 2016 r.
Jeżeli nabywcą usług budowlanych lub budowlano-montażowych jest podmiot niebędący podatnikiem podatku od towarów i usług (konsument), obowiązek podatkowy z tytułu świadczenia tych usług powstanie z chwilą wykonania usługi. Odnosząc się do zastosowanego w art. 19a ust. 2 ustawy o VAT sformułowania, iż „określono zapłatę” należy wskazać, że nie oznacza ono, że kwota zapłaty musi być znana (określona) z góry, przed wykonaniem usługi.
Z przedstawionego dokumentu Komisji Europejskiej dotyczącego podatku VAT wynika, że obecny schemat rozliczania transakcji wspólnotowych ma być zastąpiony takim, w którym transakcje transgraniczne traktowane będą tak, jak transakcje krajowe. Wprowadzenie zmian może ograniczyć skalę nadużyć, m.in. poprzez zmniejszenie liczby podmiotów, które otrzymają zwrot podatku VAT dzięki stosowaniu stawki 0 proc.
Odliczanie VAT powinno następować według tzw. proporcji sprzedaży. W trakcie roku podatkowego podatnik stosuje proporcję wstępną, wynikającą z poprzedniego roku. Po zakończeniu roku dokonuje się korekty według faktycznej proporcji sprzedaży z danego roku. W przypadku, gdy proporcja przekroczy 98% oraz kwota podatku naliczonego niepodlegająca odliczeniu, wynikająca z zastosowania tej proporcji, w skali roku, jest mniejsza niż 500 zł - podatnik ma prawo uznać, że proporcja ta wynosi 100%.
Dochowanie „należytej staranności” jako warunku odliczenia podatku naliczonego VAT jest ostatnio szczególnie popularnym zagadaniem, a to wobec ogromnej ilości postępowań kontrolnych i podatkowych w sprawie oszustw w tym podatku w związku z mechanizmem tzw. „karuzeli podatkowej”. Mechanizm ten polega na „wkręcaniu” uczciwych podatników przez oszustów do łańcucha transakcji obrotu zazwyczaj tym samym towarem. Towar w tych transakcjach zazwyczaj rzeczywiście występuje, tyle że na niektórych etapach obrotu (zarówno przed tym, na którym występuje wkręcany, jak i po). Niekiedy dochodzi do tego jeszcze dostawa wewnątrzwspólnotowa (WDT), której dokonuje uczciwy podatnik, a nabywca z innego kraju UE zazwyczaj jej zaprzecza lub znika.
Zdarza się, że podatnik dokonujący sprzedaży towarów na terytorium Polski, posiada również oddział w innym kraju Unii Europejskiej. W toku wykonywanej działalności przemieszcza towary pomiędzy centralą a oddziałem. W takim wypadku powstaje pytanie, w jaki sposób należy, na gruncie podatku od towarów i usług, rozpoznać tego typu przemieszczenie. Nie jest to bowiem „zwykła” wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów (zwana dalej także WDT). Podatnik dokonuje wywozu towarów z terytorium kraju (Polski), niemniej jednak wywóz ten nie następuje w ramach dostawy towarów na rzecz podatnika podatku od wartości dodanej. Jest to jedynie przemieszczenie towarów należących do przedsiębiorstwa podatnika.