Właściwa ocena czy podatek VAT jest kosztem kwalifikowanym (czyli takim, który może być zrefundowany w ramach dofinansowania) może być trudna, a po jej dokonaniu może okazać się, że z przyczyn niezależnych od beneficjenta jego kwalifikacja ulega zmianie. Problem ten dotyczy przede wszystkim jednostek samorządu terytorialnego, ale także innych podmiotów takich jak jednostki naukowe, organizacje pożytku publicznego czy przedsiębiorców, którzy korzystali z funduszy unijnych i krajowych, a którzy zmienili lub chcą zmienić rodzaj prowadzonej działalności na opodatkowaną VAT, tj. decydują się na komercyjne wykorzystanie powstałej z dotacji infrastruktury.
Za moment dokonania dostawy kompleksu należy uznać moment dostarczenia ostatniego elementu składającego się na całość kompleksu. W przypadku dostawy kompleksu na terenie Polski obowiązek podatkowy powstanie z chwilą dostarczenia ostatniego elementu składającego się na całość kompleksu, a w przypadku gdy przed tym dniem spółka otrzyma całość lub część zapłaty, obowiązek podatkowy powstanie z chwilą otrzymania takiej zapłaty w odniesieniu do otrzymanej kwoty. Natomiast przypadku wewnątrzwspólnotowej dostawy kompleksu, obowiązek podatkowy powstanie z chwilą wystawienia przez spółkę ostatecznej faktury dokumentującej dostawę kompleksu, nie później niż 15 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym dostarczony zostanie ostatni element składający się na całość kompleksu.
Podstawowym kryterium decydującym o podobieństwie towarów (usług) jest ich charakter. Oceny podobieństwa produktów należy dokonywać z perspektywy konsumenta. Cechami, które należy uwzględnić przy tej ocenie, są skład, smak, funkcja towarów oraz ewentualnie inne właściwości, które mogłyby mieć wpływ na decyzję konsumenta co do wyboru danego towaru. Biorąc pod uwagę te kryteria, stawka VAT na soki i napoje może być zróżnicowana.
Kara ma odstraszać, taki jest jej sens; nie przewidujemy zatem jej łagodzenia - mówi wiceminister sprawiedliwości Marcin Warchoł, pytany, czy Ministerstwo Sprawiedliwości pod wpływem konsultacji, może złagodzić propozycję wprowadzenia do Kodeksu karnego 25 lat więzienia za wyłudzenia VAT na wielką skalę. Według niego "cały proces legislacyjny powinien się zakończyć w październiku, więc realnie pod koniec 2016 roku nowe przepisy powinny zacząć obowiązywać".
Kiedyś w prasie nazwano mnie kilkukrotnie „ojcem polskiego VAT-u”, w czym było sporo dziennikarskiej przesady, bo nad wprowadzeniem tego podatku (łącznie z akcyzą) w 1993 roku pracował zespół (wcale nie taki duży), którego liderami byli już nieżyjący dyrektorzy z ministerstwa finansów panowie: Adam Wesołowski i Stanisław Rurka. Cześć ich pamięci: nie zapominajmy tych nazwisk, bo zrobili oni wiele dobrego dla naszej Ojczyzny, wyprowadzając nas - dzięki tym podatkom - z katastrofy finansów publicznych odziedziczonej po „radykalnej transformacji ustrojowej” lat 1989-1992.