Relatywnie krótka praktyka stosowania JPK zdążyła wzbudzić szereg wątpliwości, które spędzają sen z powiek podatnikom. Narzędzie mające w założeniu usprawnić i przyśpieszyć pracę organów podatkowych, a co się z tym wiąże ułatwić życie kontrolowanym, zdaje się być wysoko problematyczne. Pomimo bowiem odpowiedzi, które zostały zamieszczone na stronie resortu finansów, wciąż pozostają pewne niedopowiedzenia, wskazując na niekompletność regulacji w tym względzie (brak dalekowzroczności ustawodawcy).
Na koniec 2016 roku luka w VAT, czyli różnica między realnymi wpływami a możliwymi do osiągnięcia, może spaść do około 45 mld zł, czyli 2,5 proc. PKB - tak wynika z obliczeń PwC. W 2015 r. luka w VAT wyniosła 49 mld zł, czyli 2,8 proc. PKB.
Podatnicy mają kłopoty z płaceniem kartami płatniczymi za podatki mimo, że taką możliwość przewiduje od 1 stycznia 2016 r. znowelizowana Ordynacja podatkowa. Problem tkwi w tym, że podatnika obciążają koszty opłat i prowizji związanych z taką zapłatą (opłata interchange, opłata na rzecz organizacji kartowej, czy marża agenta rozliczeniowego). Ale w praktyce najczęściej tych opłat nie można uiścić elektronicznie, a jedynie gotówką.