Przez długie lata polskie organy podatkowe stały na stanowisku, że niepobranie podatku lub zastosowanie niższej stawki, jeżeli wynikało to z umów o unikaniu podwójnego opodatkowania, możliwe było pod warunkiem przedstawienia certyfikatu rezydencji podatkowej w formie papierowej. E-certyfikaty były honorowane przez fiskus tylko wtedy, gdy organy podatkowe innego państwa w ogóle nie wydawały certyfikatów w wersji papierowej. Jednak obecnie stanowisko fiskusa uległo zmianie. W interpretacji indywidualnej z 26 czerwca 2017 r. wydanej przez Szefa KAS, przyjęto, że certyfikat rezydencji uzyskany w formie elektronicznej będzie dla płatnika podstawą do zastosowania postanowień umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania.
Brak jest racjonalnych podstaw, aby na gruncie art. 12 ust. 3c ustawy o CIT traktować świadczenie polegające na udzieleniu licencji wraz z nadzorem autorskim inaczej niż świadczenie usług. Przyjęcie takiego stanowiska byłoby bowiem: niezgodne z wykładnią językową tego pojęcia, wykładnią systemową wewnętrzną, w szczególności uwzględniającą art. 16b ust. 1 ustawy o CIT, wykładnią systemową zewnętrzną, w szczególności uwzględniającą przepisy ustawy o prawach autorskich jak i przepisy ustawy o podatku od towarów i usług.
W podatkach dochodowych, jeżeli podatnik wytworzył we własnym zakresie i zarejestrował znak towarowy, który jest używany w prowadzonej działalności gospodarczej np. jako logo, baner, hasło, to nie ma możliwości amortyzowania go. Choć przepisy art. 22g ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2016 r., poz. 2032 ze zm., zwana dalej „ustawą o PIT”) i art. 16g 1 pkt 2 o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz.U. z 2016 r., poz. 1888 ze zm., zwana dalej „ustawą o CIT”) wskazują na wartość początkową w postaci kosztu wytworzenia, to jednak w utartej praktyce organy skarbowe nie uznają amortyzacji własnego znaku towarowego po jego rejestracji. Oznacza to zatem, że aby doszło do jego amortyzacji, podatnik taki będzie musiał ten znak zbyć w jakiś sposób. Nie każdy może się okazać opłacalny czyli gospodarczo lub ekonomicznie uzasadniony.
Komandytariusz (np. z spółka z o.o.) polskiej spółki komandytowej, w której komplementariuszem jest spółka limited z siedzibą na Malcie może zgodnie z prawem płacić w Polsce CIT jedynie od 0,01% swojego dochodu. Reszta, czyli 99,99 proc. trafia do komplementariusza maltańskiego, która może go w całości wypłacić swojemu dyrektorowi zarządzającemu tytułem wynagrodzenia. Wynagrodzenie to jest zwolnione z PIT na mocy polskiej ustawy o PIT i umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania podpisanej z Maltą. Nie stanowi też podstawy do naliczenia składek ubezpieczeniowych.