Zarówno w doktrynie, jak i orzeczeniach sądów wskazuje się na możliwość skorygowania błędów związanych z wystawieniem tzw. pustej faktury, pomimo że na gruncie przepisów ustawy o VAT ustawodawca nie przewidział tego wprost. Powstaje jednak pytanie, czy podmiot, który świadomie wystawił puste faktury, ma możliwość korekty przedmiotowych dokumentów.
W obrocie gospodarczym często zdarzają się sytuacje, które wymagają zmodyfikowania informacji znajdujących się na fakturze, mających wpływ na wymiar podatku dochodowego. Rodzi to konieczność wystawienia faktury korygującej. Należy przy tym pamiętać, że dokonanie korekty faktury nie dokumentuje nowego zdarzenia gospodarczego, dlatego w przypadku gdy faktura wystawiona jest w walucie obcej, do przeliczenia widniejących na niej kwot zastosowanie znajdzie kurs waluty, który był właściwy dla faktury pierwotnej. Bez wpływu na taki stan rzeczy pozostaje zmiana przepisów wprowadzona 1 stycznia 2016 r., dotycząca ujęcia momentu korekty przychodów i kosztów.
W przypadku, gdy nabywca otrzyma fakturę zawierającą błędy w elementach nazwy sprzedawcy lub nabywcy albo oznaczenia towaru lub usługi, może je skorygować notą korygującą. Należy jednak podkreślić, że wystawienie noty korygującej nie może prowadzić do zmiany podmiotu umowy sprzedaży. W przypadku, gdy błędne są wszystkie dane nabywcy wskazane na fakturze, nie jest dopuszczalne jej korygowanie w drodze noty korygującej. Jedynym sposobem naprawienia tego typu błędu jest wystawienie faktury korygującej przez sprzedawcę.
Nota korygująca wymaga akceptacji wystawcy faktury. Zatem, notę korygującą wystawia się w sytuacji gdy faktura lub faktura korygująca zawiera pomyłki dotyczące jakiejkolwiek informacji wiążącej się zwłaszcza ze sprzedawcą lub nabywcą lub oznaczeniem towaru lub usługi, lecz tylko wtedy jeśli są wadliwości mniejszej wagi. W związku z tym w sytuacji, gdy na fakturze otrzymanej od dostawcy towaru, bądź świadczącego usługę – obok imienia i nazwiska podatnika i jego numeru identyfikacji podatkowej widnieją błędne dane adresowe, to zainteresowany może wystawić taką notę korygującą, która skoryguje adres widniejący na otrzymanej fakturze, ale także może odmówić wystawienia noty korygującej.
Organy podatkowe nie powinny wydawać decyzji odmawiającej odliczenia VAT jedynie wykazując, że dostawca podatnika był podmiotem nieistniejącym. Konieczne jest wykazanie, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, iż dostawa wiązała się z przestępstwem w zakresie podatku. Organy podatkowe nie mogą jednakże w sposób generalny wymagać od podatnika sprawdzania, czy jego dostawca dysponuje towarami i jest w stanie je dostarczyć. Nie można również wymagać od podatnika weryfikowania, czy jego dostawca wywiązuje się z obowiązku składania deklaracji i zapłaty podatku VAT.
Podatnik, który chce odliczyć VAT nie musi badać, czy wystawca faktury za towary lub usługi, których odliczenie ma dotyczyć, dysponuje danymi towarami i jest w stanie je dostarczyć oraz czy wywiązuje się z obowiązku złożenia deklaracji i zapłaty podatku VAT. Trybunał Sprawiedliwości UE wydał 22 października 2015 r. wyrok, zgodnie z którym nie można odmówić prawa do odliczenia VAT, jeśli była dostawa, a tylko nie da się ustalić, kto był sprzedawcą. Urzędnicy musieliby wykazać, że kupujący faktycznie nie dochował należytej staranności.
Z perspektywy interesów Skarbu Państwa, za najbardziej szkodliwy rodzaj oszustw podatkowych uznać należy wyłudzenia zwrotów podatku od towarów i usług. O ile bowiem np. zatajenie przed fiskusem osiągniętego w danym okresie rozliczeniowym dochodu wiąże się jedynie z uszczupleniem dochodów budżetowych państwa, podkreślić należy, iż wyłudzenie podatku VAT dodatkowo te dochody zmniejsza. Nie dość bowiem, że oszust podatkowy nie uiszcza należnej daniny, to jeszcze uzyskuje od Skarbu Państwa środki, które mu się faktycznie nie należą. Korzyści związane z tego typu działalnością przestępczą znajdują więc swoje źródła w budżecie państwa, a każda kwota wyłudzona przez oszustów wiąże się ze zmniejszeniem środków przekazywanych przez państwo na inne, społecznie istotne cele. Na oszustach vatowskich tracimy więc wszyscy.
Minister Finansów po wyroku TSUE rozstrzygającym, że to gminy a nie ich jednostki budżetowe są podatnikami VAT, deklaruje, że dostosowanie rozliczeń VAT gmin do tezy wyroku nastąpi „w przód". Samorządy mogą jednak, zgodnie z wyrokiem TSUE, podjąć decyzję o dokonaniu korekt rozliczeń (uwzględniając model „scentralizowany" - czyli, że to gmina rozlicza VAT jako podatnik) nieobjętych przedawnieniem. Ministerstwo wyjaśnia jednocześnie, że aby zachować zasadę neutralności VAT – korekty muszą zostać sporządzone w odniesieniu do całego poprzedniego 5 letniego okresu nieobjętego przedawnieniem. Nie będzie możliwe sporządzanie korekt wybiórczych, tj. tylko za wybrane przez samorządy okresy rozliczeniowe.
Ostatni wyrok TSUE uznający nie wiadomo dlaczego, że gminne jednostki budżetowe jakoby nie są podatnikami podatku od towarów i usług, jest przysłowiowym gwoździem do trumny tego podatku. Dlaczego? Bo podstawowa teza tego wyroku, że tylko gminy i miasta (osoby prawne) są podatnikami VAT-u, a podległe im jednostki budżetowe już nie, wymyślił zagraniczny biznes doradczy, jakże hołubiony przez władze III RP.