Relatywnie krótka praktyka stosowania JPK zdążyła wzbudzić szereg wątpliwości, które spędzają sen z powiek podatnikom. Narzędzie mające w założeniu usprawnić i przyśpieszyć pracę organów podatkowych, a co się z tym wiąże ułatwić życie kontrolowanym, zdaje się być wysoko problematyczne. Pomimo bowiem odpowiedzi, które zostały zamieszczone na stronie resortu finansów, wciąż pozostają pewne niedopowiedzenia, wskazując na niekompletność regulacji w tym względzie (brak dalekowzroczności ustawodawcy).
Przygotowując na rok 2017 r. nowelizację ustawy o VAT, która ma uszczelnić system poboru tego podatku (przynosząc budżetowi zyski rzędu 3,4 mld zł rocznie), zapomniano, że system ten należałoby nie tylko uszczelnić, ale także uprościć. W przeciwnym wypadku nawet najkorzystniejsze plany poprawy kondycji stanu finansów państwa mogą spalić na panewce.
Od rozliczenia za styczeń 2017 r. podatnicy VAT czynni, którzy prowadzą ewidencje VAT w formie elektronicznej, będą mieli obowiązek ich przesyłania w formacie JPK_VAT (art. 82 § 1b Ordynacji podatkowej). Obowiązek ten będzie dotyczył podatników, którzy posiadają status małego lub średniego przedsiębiorcy. Dotyczy to również podatników, którzy nie są przedsiębiorcami, np. JST. Status ten ustalamy na podstawie ustawy o swobodzie działalności gospodarczej.
Co do zasady koszty postępowania przed organami podatkowymi ponosi Skarb Państwa, województwo, powiat lub gmina. Jest to norma ogólna, wywodząca się z dyspozycji art. 264 Ordynacji podatkowej, niedotycząca wszystkich, możliwych wydatków. Koszty, w większości nie są też zwracane z urzędu, ale na wniosek uczestnika postępowania.
Prawo do ulgi w podatku przysługuje, jeśli pieniądze ze sprzedaży nieruchomości zostaną przeznaczone na spełnienie „własnych potrzeb mieszkaniowych” podatnika. Oznacza to sytuację, kiedy podatnik kupuje, buduje czy remontuje nieruchomość, której jest właścicielem. Nie skorzysta z ulgi, jeśli pieniądze są przeznaczone na zakup, remont czy budowę nieruchomości, która należy do kogoś innego – nawet bliskiego, mimo że podatnik w takiej nieruchomości będzie mieszkał.