Jeżeli przedmiotem dostawy są towary opodatkowane stawką VAT w wysokości 23%, to dla kosztów przesyłki dokonywanej przez firmę kurierską lub operatora pocztowego, należy stosować taką samą stawkę VAT. Natomiast w sytuacji, gdy na jednej fakturze są pozycje opodatkowane stawką 8% lub stawką 23%, wtedy koszty przesyłki należy przyporządkować poszczególnym towarom a do kosztów przesyłki zastosować taką samą stawkę VAT jak dla towarów, z którymi są związane.
Relatywnie krótka praktyka stosowania JPK zdążyła wzbudzić szereg wątpliwości, które spędzają sen z powiek podatnikom. Narzędzie mające w założeniu usprawnić i przyśpieszyć pracę organów podatkowych, a co się z tym wiąże ułatwić życie kontrolowanym, zdaje się być wysoko problematyczne. Pomimo bowiem odpowiedzi, które zostały zamieszczone na stronie resortu finansów, wciąż pozostają pewne niedopowiedzenia, wskazując na niekompletność regulacji w tym względzie (brak dalekowzroczności ustawodawcy).
Od rozliczenia za styczeń 2017 r. podatnicy VAT czynni, którzy prowadzą ewidencje VAT w formie elektronicznej, będą mieli obowiązek ich przesyłania w formacie JPK_VAT (art. 82 § 1b Ordynacji podatkowej). Obowiązek ten będzie dotyczył podatników, którzy posiadają status małego lub średniego przedsiębiorcy. Dotyczy to również podatników, którzy nie są przedsiębiorcami, np. JST. Status ten ustalamy na podstawie ustawy o swobodzie działalności gospodarczej.
Centralny Rejestr Faktur będzie narzędziem do kontroli przedsiębiorców, ich działalności gospodarczej oraz zawieranych transakcji z dokładnością do każdej otrzymanej czy wystawionej faktury. Rejestr ma być bazą faktur, a zatem przedsiębiorcy będą mieli kolejny obowiązek wobec fiskusa, czyli obowiązek przesyłania każdej faktury, w czasie rzeczywistym, do centralnej bazy administracji rządowej.
Wydanie weksla stanowi uregulowanie należności, w myśl przepisów ustawy o VAT, a tym samym, podatnik wystawiając i wręczając wierzycielowi weksel własny, przed upływem terminu, po upływie którego byłby zobowiązany do korekty podatku VAT, nie będzie zobowiązany do dokonania korekty podatku naliczonego z tytułu zakupu składników majątkowych.
Jak podają media cytując urzędników resortu finansów, pod koniec sierpnia 2016 r. wpłynęło ponad 6 tys. elektronicznych informacji na temat ewidencji prowadzonej dla potrzeb VAT. Wszystkie podmioty sektora publicznego oraz szkoły wyższe i jednostki badawcze, które, zgodnie z interpretacją tegoż resortu, też są jakoby dużymi podatnikami (choć są na ten temat inne poglądy prawne), zwolniono z tego obowiązku, bo nie były w stanie mu podołać: nie miały pieniędzy aby dać zarobić firmom informatycznym. Ponoć jest ich około 3 tysięcy, czyli jedna trzecia ogółu. Nikt nie może zrozumieć panującego tu bałaganu, który przy pomocy wątpliwych poglądów narzuca podatnikom obowiązki, a potem z nich zwalnia.
W praktyce gospodarczej uzyskanie opieczętowanego i opatrzonego podpisami zarówno przewoźnika, jak i nabywcy listu przewozowego, potwierdzającego dostawę towaru do nabywcy, jest w wielu przypadkach znacznie utrudnione. Minister Finansów w wydanej interpretacji potwierdził, że dopuszczalne są również inne sposoby i formy dokumentowania dostawy, w tym m.in. dokumentowanie dostawy oświadczeniem odbiorcy towaru i w formie skanu przesyłanym mailem do dostawcy towaru.