Organy podatkowe mają obowiązek kontrolować m.in. czy podatnicy nie zawyżają kosztów uzyskania przychodu, a tym samym, czy celowo nie zmniejszają podstawy opodatkowania. W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości podatnik ma prawo do złożenia korekty (deklaracji, zeznania podatkowego), a jeżeli korekta nie zostanie złożona, organ wyda decyzję wymiarową w postępowaniu podatkowym.
Zgodnie art. 15 ust. 2 - 2a ustawy CIT, zasady proporcjonalnej alokacji kosztów uzyskania przychodów nie będą miały zastosowania do przychodów uzyskanych z dywidend od spółek zależnych. Przepisy art. 15 ust. 2 - 2a ustawy CIT mają zastosowanie w sytuacji, gdy podstawą opodatkowania jest dochód, natomiast w myśl art. 22 ustawy CIT podstawą opodatkowania podatkiem dochodowym w przypadku dywidend jest przychód. Oznacza to, że przychody z tytułu dywidend otrzymanych od spółek zależnych nie powinny być ujęte ani wśród „przychodów ze źródeł, z których dochody podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym” lub „przychodów ze źródeł, z których dochody nie podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym lub są zwolnione z podatku dochodowego” (w liczniku proporcji), ani w „ogólnej kwocie przychodów” (w mianowniku proporcji).
Urzędy skarbowe z reguły nie kwestionują zaliczanie do kosztów uzyskania przychodów wydatków na leasing klimatyzatora montowanego w siedzibie firmy, czy pomieszczeniach, gdzie jest wykonywana działalność gospodarcza. Jednak w sytuacji, gdy siedzibą podatnika lub pomieszczeniami, gdzie jest wykonywana działalność jest mieszkanie, czy dom podatnika mogą pojawić się wątpliwości. Nie można bowiem zaliczyć do kosztów podatkowych wydatków poniesionych w celach osobistych.
Od 1 stycznia 2016 r. obowiązują przepisy regulujące zasady dokonywania korekty kosztów (art. 15 ust. 4i-4l ustawy o CIT). Z przepisów tych wynika, że każda korekta przychodu lub kosztu, która nie będzie spowodowana błędem rachunkowym lub oczywistą omyłką, ma być dokonywana na bieżąco. Przepisy o korekcie kosztów mają zastosowanie również przy korygowaniu kosztów uzyskania przychodów poniesionych przed 1 stycznia 2016 r. Wcześniej według ugruntowanego stanowiska organów podatkowych i sądów, korekty przychodów i kosztów należało dokonywać zawsze wstecz - bez względu na przyczynę (por. wyrok NSA z 25 kwietnia 2014 r., sygn. II FSK 4/13). Dla podatników oznaczało to obowiązek korygowania prowadzonych ewidencji i zeznań podatkowych niejednokrotnie nawet za kilka lat.
Opłata administracyjna, która nie ma przypisanego okresu obowiązywania, może być zaliczana jednorazowo do kosztów uzyskania przychodów, a prowizja, jeśli dotyczy okresu przekraczającego rok podatkowy, może być rozliczana proporcjonalnie do długości okresu, którego dotyczy umowa gwarancyjna.
Podatnik, który otrzyma wynik kontroli celno-skarbowej, tylko raz będzie mógł skorygować złożoną deklarację podatkową. Jeśli później uzna, że dokonane przez niego rozliczenia wbrew opinii kontrolujących były jednak prawidłowe, to ponowna deklaracja, w zakresie, jakim cofa ustalenia kontroli, będzie już bezskuteczna.
Często zdarza się, że na skutek zmieniającej się sytuacji gospodarczej, dalsza realizacja zawartej przez spółkę umowy staje się nieracjonalna z ekonomicznego punktu widzenia. W takim przypadku, jeżeli umowa przewiduję prawo do odstąpienia od niej za zapłatą oznaczonej sumy pieniężnej (odstępne), zapłacona kwota, co do zasady, będzie mogła stanowić koszty uzyskania przychodów.
