Jak wynika z przepisów ustawy o PIT, nie jest objęte niezwiązane z wykonywaniem działalności gospodarczej zbycie ruchomości, jeśli od czasu jej nabycia upłynęło 6 miesięcy. W przypadku nieruchomości lub ich części oraz udziału w nieruchomości okres ten wynosi 5 lat od zakończenia roku kalendarzowego, w którym nastąpiło ich nabycie. Skąd więc żądanie 19% podatku, jeżeli małżeństwo nabyło nieruchomość nie 5, a 9 lat przed sprzedażą? Trwający 3,5 roku spór podatnika z fiskusem zakończył się przed Naczelnym Sądem Administracyjnym.
W przepisach dotyczących podatku od nieruchomości (w ustawie o podatkach i opłatach lokalnych) a także w ustawie o podatku rolnym i ustawie o podatku leśnym zostanie jednoznacznie określone, że posadowienie infrastruktury elektroenergetycznej służącej do przesyłania i dystrybucji energii elektrycznej, nie zmienia sposobu opodatkowania tych gruntów, a samo umieszczenie linii elektroenergetycznej napowietrznej - nad gruntem i kablowej - w gruncie, nie stanowi zajęcia tego gruntu na prowadzenie działalności gospodarczej. Taka zmiana znalazła się w wykazie prac legislacyjnych i programowych Rady Ministrów, a projekt nowelizacji ww. ustaw ma zostać przyjęty przez Radę Ministrów jeszcze w II kwartale 2018 roku.
Zdaniem Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej podatnik zachowuje prawo do odliczenia VAT, gdy prawo to powstało, nawet jeśli ów podatnik z przyczyn niezależnych od jego woli nie mógł wykorzystać towarów lub usług stanowiących podstawę odliczenia. W związku z tym do odmowy odliczenia nie wystarczy, aby nieruchomość pozostała niezajęta po rozwiązaniu umowy najmu, której była przedmiotem, z powodu okoliczności niezależnych od woli jej właściciela.
Zdaniem Ministra Finansów jeżeli zbycie nieruchomości nastąpiło po śmierci jednego z małżonków, a nieruchomość nabyta została do majątku objętego wspólnością majątkową, to pięcioletni termin określony w art. 10 ust. 1 pkt 8 ustawy o PIT należy liczyć od końca roku kalendarzowego, w którym nastąpiło nabycie tej nieruchomości do majątku wspólnego małżonków. Innymi słowy w momencie śmierci jednego z małżonków nie następuje nabycie nieruchomości, o którym mowa w ww. przepisie przez drugiego małżonka, jeżeli nieruchomość objęta była wspólnością majątkową.
Zdaniem Trybunału Konstytucyjnego nie można zakładać z góry, że skoro jedno z małżonków jest przedsiębiorcą, to będące przedmiotem współposiadania grunty należy zakwalifikować jako grunty związane z działalnością gospodarczą opodatkowane najwyższą stawką. Niezbędne jest każdorazowo ustalenie faktycznego sposobu wykorzystania opodatkowanego gruntu, którego współposiadaczem pozostaje osoba fizyczna prowadząca działalność gospodarczą. 12 grudnia 2017 roku Trybunał Konstytucyjny orzekł, że przepis art. 1a ust. 1 pkt 3 w związku z art. 5 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy o podatkach i opłatach lokalnych rozumiany w ten sposób, że wystarczającą przesłanką zakwalifikowania gruntu podlegającego opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości do kategorii gruntów związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej jest prowadzenie działalności gospodarczej przez osobę fizyczną będącą jego współposiadaczem, jest niezgodny z Konstytucją RP.
Najem lokalu, oprócz pobierania czynszu, często wiąże się z odrębnym obciążaniem najemcy kosztami mediów takich jak dostawa wody lub odprowadzanie ścieków. Zasadniczo, z punktu widzenia opodatkowania podatkiem od towarów i usług, takie obciążanie może stanowić odrębne od najmu świadczenie (taki przypadek zakładamy na potrzeby niniejszego artykułu). Uznaje się wtedy, że to wynajmujący (a nie faktyczny dostawca) świadczy usługi mediów na rzecz najemcy (art. 8 ust. 2a ustawy o VAT), co określa się jako odsprzedawanie (refakturowanie) tych świadczeń.
Bezpośrednio do kosztów uzyskania przychodów można zaliczyć wydatki poniesione na remont nieruchomości, jeżeli w istocie wydatki te będą mieć wyłącznie charakter wydatków remontowych. Natomiast wydatki o charakterze ulepszeniowym, a więc wydatki poniesione na adaptację nieruchomości, w celu dostosowania jej do potrzeb prowadzonej działalności gospodarczej, wykraczające poza zakres definicji „remontu”, stanowić będą inwestycję w „obcym środku trwałym”.