Transakcje łańcuchowe, które polegają na dostawie tego samego towaru w ten sposób przez kilka podmiotów, mogą występować w różnych konfiguracjach, zarówno krajowych, jak i zagranicznych. Z perspektywy rozliczeń VAT bardzo istotne jest odpowiednie rozpoznanie transakcji łańcuchowych, szczególnie z zaangażowaniem podmiotów zagranicznych.
Przedsiębiorców, którzy pozyskują dodatkowe finansowanie w formie leasingu zwrotnego, może czekać rewolucja w rozliczaniu VAT. Takie mogą być skutki wyroku Trybunału Sprawiedliwości UE z 27 marca 2019 r. (w sprawie Mydibel, sygn. akt C-201/18). Dotyczył on wprawdzie sprawy belgijskiej, ale jak przekonują eksperci, może mieć kolosalne znaczenie także dla polskich podatników.
Zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem pięciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. W odniesieniu do podatku VAT instytucja przedawnienia ma zastosowanie do każdego z osobna rozliczenia, niezależnie od jego wyniku, tj. zarówno do rozliczeń, w których obowiązek podatkowy przekształcił się w zobowiązanie podatkowe, jak i w przypadku prawa do odliczenia.
W dobie zaostrzonej walki z przestępstwami skarbowymi, uczestnikiem karuzeli podatkowej może zostać nawet podatnik uczestniczący w łańcuchu dostaw, np. właściciel magazynu, który wynajął pomieszczenie. Z tego względu bardzo istotne jest dokładne zweryfikowanie kontrahenta, w celu zabezpieczenia przedsiębiorstwa przed ryzykiem wynikającym z tego tytułu, w tym odpowiedzialnością karno skarbową.
Przedsiębiorcy, którzy są podatnikami VAT miewają wątpliwości odnośnie zasad odliczania VAT w przypadku nabywanych mediów (jak gaz, woda, energia elektryczna). Wątpliwości te dotyczą m.in. kwestii stosowanych przez dostawców mediów tzw. prognoz, które często różnią się od faktycznego zużycia, opóźnionego wystawienia faktury przez dostawcę. Kwestie te wyjaśnił (z upoważnienia Ministra Finansów) Filip Świtała, Podsekretarz Stanu w Ministerstwie Finansów w odpowiedzi (z 24 października 2018 r.) na interpelację poselską.
W sytuacji gdy klient spółki za osiągnięcie określonego pułapu obrotów jest nagradzany imprezą wyjazdową organizowaną przez spółkę, na której kształt nie ma wpływu, nie można uznać, że jest zamawiającym usługę. Pomiędzy spółką a jej klientem, który osiągnął wymagany pułap obrotów nie ma relacji, o której mowa w przepisie odnoszącym się do procedury VAT marża.
Jednostki organizacyjne samorządu terytorialnego, świadcząc odpłatne usługi, stają się podatnikami VAT. Jednak część usług wykonują nieodpłatnie, w ramach realizacji zadań publicznoprawnych. Rozdzieleniu dla potrzeb podatku VAT działalności w ramach tych dwóch sfer służy tzw. prewspółczynnik. Mimo że sama ustawa o VAT daje podatnikom możliwość dostosowania sposobu określenia proporcji, fiskus wymusza stosowanie metod określonych w akcie niższej rangi, jakim jest rozporządzenie.
Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji indywidualnej z 22 maja 2018 r., znak: ITPP2/4512-289/15-2/PS, po oddaleniu skargi kasacyjnej przez NSA (wyrok I FSK 490/16 z 18.01.2018 r.), musiał przyznać, że nie w każdym przypadku parkowanie samochodu poza siedzibą firmy oznacza, że samochód nie jest wykorzystywany wyłącznie do działalności gospodarczej.