Niektóre z zawodów, m. in.: aplikacje prawnicze, wymagają uzyskania odpowiednich uprawnień. Zdobycie ich wiąże się najczęściej z poniesieniem określonych wydatków takich jak: opłata za egzamin konkursowy, za kolejne lata aplikacji, opłata za przystąpienie do egzaminu końcowego itp. Pomimo że wydatki te są niezbędne i nieuniknione, aby w przyszłości prowadzić tego typu działalność gospodarczą, NSA od jakiegoś czasu nie pozwala zaliczać ich do kosztów uzyskania przychodów.
Przedsiębiorcy często rejestrują swoje działalności gospodarcze w swoim mieszkaniu lub domu, gdzie zamieszkują i prowadzą swoje gospodarstwa domowe. Jeśli w swoim miejscu zamieszkania prowadzi się działalność firmy tzn. pracuje i przyjmuje klientów, to w związku z tym przysługuje prawo do przeznaczenia części lokalu na siedzibę firmy. Jest wtedy możliwość zaliczenia do kosztów podatkowych firmy odpowiednio wyliczonej części wydatków ponoszonych na lokal tj. czynsz, kredyt, media, wyposażenie czy remont.
Dochowanie „należytej staranności” jako warunku odliczenia podatku naliczonego VAT jest ostatnio szczególnie popularnym zagadaniem, a to wobec ogromnej ilości postępowań kontrolnych i podatkowych w sprawie oszustw w tym podatku w związku z mechanizmem tzw. „karuzeli podatkowej”. Mechanizm ten polega na „wkręcaniu” uczciwych podatników przez oszustów do łańcucha transakcji obrotu zazwyczaj tym samym towarem. Towar w tych transakcjach zazwyczaj rzeczywiście występuje, tyle że na niektórych etapach obrotu (zarówno przed tym, na którym występuje wkręcany, jak i po). Niekiedy dochodzi do tego jeszcze dostawa wewnątrzwspólnotowa (WDT), której dokonuje uczciwy podatnik, a nabywca z innego kraju UE zazwyczaj jej zaprzecza lub znika.
Podatników obowiązuje zasada, że mogą odliczać VAT od zakupów, które są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Zasada ta nie uległa zmianie. Ustawodawca wprowadził natomiast do ustawy o VAT, obok funkcjonującej od dawna proporcji, tzw. preproporcję, która pozwala ustalić, jaka część VAT naliczonego jest związana ze sprzedażą podlegającą VAT, gdy podatnik wykonuje również czynności, które nie stanowią działalności według ustawy o VAT. Dla podatników jest to nowość.
Koszty organizacji spotkania świątecznego o charakterze motywacyjnym i integracyjnym dla pracowników podatnika, będą mogły być uznane za koszty podatkowe, gdyż mają związek z osiąganiem przychodów przez pracodawcę oraz zabezpieczeniem ich źródeł. Zaliczenie do kosztów podatkowych przedmiotowych wydatków powinno być poparte stosowną dokumentacją świadczącą o dominującym integracyjnym oraz motywacyjnym aspekcie spotkania. Konieczne jest dysponowanie nie tylko fakturami potwierdzającymi zakup towarów i usług, ale również dokumentami określającymi przebieg spotkania, np. program lub agendę, który wskazywałby na jego cel i charakter.
Podatników obowiązuje zasada, że mogą odliczać VAT od zakupów, które są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Zasada ta nie uległa zmianie. Ustawodawca wprowadził natomiast do ustawy o VAT, obok funkcjonującej od dawna proporcji, tzw. preproporcję, która pozwala ustalić, jaka część VAT naliczonego jest związana ze sprzedażą podlegającą VAT, gdy podatnik wykonuje również czynności, które nie stanowią działalności według ustawy o VAT. Dla podatników jest to nowość.
Organy podatkowe zwykle uznawały, że osoba prowadząca działalność gospodarczą nie może odliczyć wydatków na dokształcanie się, w tym studia, jeśli zostały one rozpoczęta przed uruchomieniem firmy. Jeśli jednak nauka odbywała się już w trakcie prowadzenia działalności, wówczas zazwyczaj fiskus wyrażał zgodę na wpisanie czesnego w koszty. Pod warunkiem jednak, że można było wykazać związek między kierunkiem nauki a przychodami – również przyszłymi - firmy. Innymi słowy, przedsiębiorca studiujący filozofię raczej nie miał szans na wpisanie czesnego do kosztów firmy.
Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej w dniu 22 października 2015 r. wydał orzeczenie, które może okazać się bardzo ważne dla podatników, którym organy podatkowe podważyły prawo do odliczenia podatku VAT. Trybunał uznał, że organy podatkowe nie mogą w sposób generalny wymagać, żeby podatnik badał, czy wystawca faktury za towary lub usługi, których odliczenie ma dotyczyć, dysponuje danymi towarami i czy jest w stanie je dostarczyć oraz czy wywiązuje się z obowiązku złożenia deklaracji i zapłaty podatku VAT, w celu upewnienia się, że podmioty działające na wcześniejszych etapach obrotu nie dopuszczają się nieprawidłowości lub przestępstwa, albo żeby podatnik ten posiadał potwierdzające to dokumenty.
