Organ podatkowy uznał, że firma brała udział w karuzeli VAT i zakwestionował wiele działań przedsiębiorcy. Pośród zarzutów mających uzasadnić odmowę prawa do odliczenia VAT znalazł się również taki, że nie dochował on należytej staranności przy przeprowadzaniu transakcji, bo nie poddał swojego dostawcy weryfikacji, uznając go za wiarygodnego na podstawie wieloletniej współpracy. Jak podsumował to Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu: „Stwierdzenie takie jest oczywiście sprzeczne z logiką, doświadczeniem życiowym i realiami funkcjonowania obrotu gospodarczego” (wyrok z 17 marca 2020 r., sygn. akt I SA/Wr 768/19).
W świetle art. 86 ust. 10 ustawy o VAT, prawo do odliczenia podatku naliczonego z otrzymanej faktury powstaje zasadniczo w rozliczeniu za okres, w którym w odniesieniu do nabytych towarów i usług powstał obowiązek podatkowy (z reguły: dzień wykonania usługi lub dokonania dostawy). Przy czym, jak wynika z art. 86 ust. 10b pkt 1 ustawy o VAT, uprawnienie to nie zaistnieje wcześniej niż, gdy podatnik otrzymał fakturę.
Wiele osób narzeka na działanie administracji. Podnoszą, że urzędy działają opieszale, przedstawiane przez nich argumenty i dokumenty są pomijane. Sprawy rozpatrywane są pobieżnie lub po prostu nieprawidłowo. W praktycznej walce z organami podatkowymi osoba fizyczna, czy nawet przedsiębiorca, jest jednostką najczęściej słabszą. Nie oznacza to jednak jego skazania na łaskę, czy niełaskę urzędników. Ustawodawca zauważył nierównowagę stron w postępowaniu administracyjnym i postępowaniu podatkowym – i wprowadził odpowiednie instrumenty i narzędzia, które mają pilnować prawidłowego działania całego systemu administracji. Sposób działania tych instrumentów oraz wyjaśnienie jak powinny funkcjonować, widać w praktyce orzeczniczej. Sądy na podstawie konkretnych stanów faktycznych i spraw indywidualnych jednostek, stworzyły pomocne wytyczne w formie tez orzeczniczych, z których może skorzystać każdy zainteresowany.
Zdaniem sądu administracyjnego nie powinno się odmawiać podatnikowi prawa do odliczenia VAT nie tylko wtedy, gdy nieprawidłowości dotyczą wcześniejszej lub późniejszej transakcji, ale nawet wtedy, gdy dotyczą one bezpośrednio transakcji zakupu zawartej przez tego podatnika, czyli tej transakcji, której dotyczy podatek naliczony do odliczenia, pod warunkiem jednak, że na podstawie obiektywnych przesłanek nie da się stwierdzić, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, że zawierana przez niego transakcja zakupu wiązała się z przestępstwem popełnionym przez wystawcę faktury.
Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej uznał, że art. 90 dyrektywy 2006/112 w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej należy interpretować w ten sposób, że stoi on na przeszkodzie przepisom krajowym, które przewidują, iż podatnik nie może dokonać omawianej korekty, jeżeli dłużnik nie jest już podatnikiem VAT. TSUE podkreślił, że skoro dłużnik utracił status podatnika VAT, to tym bardziej przemawia to za możliwością dokonania korekty.
