Wynajem służbowego samochodu pracownikowi, nawet na warunkach rynkowych, przekreśla możliwość odliczenia pełnego VAT - tak uznał NSA w dwu wyrokach. Sąd orzekł, że taki wynajem nie jest działalnością gospodarczą i nie daje pewności, że pojazd będzie wykorzystywany wyłącznie dla tych celów. Należy więc przyjąć, że samochód jest wykorzystywany w sposób mieszany.
Zarejestrowanie samochodu wydaje się sprawą banalną. Jest jednak zajęciem czasochłonnym. Postępowanie przy rejestracji zależy od tego, czy dotyczy ona pojazdu nowego, czy starego, kupionego w kraju, czy za granicą (do tego w Unii lub poza nią). Dodatkowe wymagania stawiane są właścicielom samochodów zabytkowych i tzw. samoróbek (SAM). Najprościej zarejestrować nowe auto kupione w kraju. Sama procedura w urzędzie może się zamknąć w pół godziny ale w kolejce do okienka postoimy znacznie dłużej. A jeśli zapomnimy choć jednego dokumentu, trzeba będzie odstać swoje od początku.
Użycie samochodu służbowego, o którym mowa w art. 86a ust. 4 pkt 1 ustawy o VAT, dla którego prowadzona jest ewidencja przebiegu pojazdu, użytkowanego przez pracownika nie należącego do kadry kierowniczej, który wyjątkowo może być garażowany w miejscu zamieszkania pracownika, nie stanowi użycia samochodu służbowego w celach prywatnych.
Akcyzą z pewnością są opodatkowane sprowadzane z zagranicy pojazdy towarowe o podwyższonym standardzie, tj. SUVy, luksusowe pick-upy, posiadające więcej niż jeden rząd siedzeń (lub przystosowane do ich łatwego zamontowania) i przeszkloną część ładunkową. Za to nieopodatkowane powinny być m.in.: typowe ciężarówki, autobusy, pojazdy specjalne i furgony nie posiadające przeszkolonej część ładunkowej.
Odliczanie VAT powinno następować według tzw. proporcji sprzedaży. W trakcie roku podatkowego podatnik stosuje proporcję wstępną, wynikającą z poprzedniego roku. Po zakończeniu roku dokonuje się korekty według faktycznej proporcji sprzedaży z danego roku. W przypadku, gdy proporcja przekroczy 98% oraz kwota podatku naliczonego niepodlegająca odliczeniu, wynikająca z zastosowania tej proporcji, w skali roku, jest mniejsza niż 500 zł - podatnik ma prawo uznać, że proporcja ta wynosi 100%.