W większości mikro i małych przedsiębiorstw które podlegają pod ustawę o rachunkowości, czyli prowadzą pełną księgowość, polityka rachunkowości dotycząca amortyzacji dostosowana jest do przepisów podatkowych. Jednak zdarza się, że stawki amortyzacyjne, bilansowa i podatkowa, z różnych powodów odbiegają od siebie. Wówczas powstaje kłopot, jak zaewidencjonować takie zdarzenie gospodarcze, aby żaden koszt nie został ominięty.
Minister Finansów wydał 30 marca 2012 r. interpretację ogólną dotyczącą opodatkowania podatkiem VAT dostawy i montażu sprzętu medycznego. Minister uznał, że niezależnie od treści zawartej umowy, dostawa wyrobu medycznego, podlega obecnie opodatkowaniu 8% stawką VAT. Natomiast prace polegające na dostosowaniu (adaptacji, przebudowy, rozbudowy itp.) pomieszczeń szpitala prowadzone w związku z dostawą ww. wyrobu medycznego nie korzystają, co do zasady, z preferencji podatkowej i podlegają opodatkowaniu według podstawowej stawki VAT (obecnie 23%).
Zdaniem Ministra Finansów podawane do spożycia „na miejscu” w kawiarniach i innych lokalach gastronomicznych kawy (lub herbaty), także te z dodatkiem mleka (np. cappuccino, czy latte) są obciążone 23% stawką VAT. Ale przy sprzedaży tych napojów „na wynos”, właściwa jest stawka 5% VAT. Są jednak interpretacje podatkowe wskazujące, że w przypadku tych napojów, których zasadniczym (przeważającym) składnikiem jest mleko, a dodatkowym składnikiem napar kawowy – stawką właściwą jest 8% VAT (bo te napoje nie spełniają definicji „kawy”).
Nie ma różnicy pomiędzy wypłatą dywidendy w formie pieniężnej i w formie rzeczowej. Aktywa spółki zostają pomniejszone w taki sam sposób, jak przy wypłacie w formie pieniężnej. Dlatego w sensie podatkowym, w świetle art. 12 i 14 ustawy o CIT, brak jest podstaw do uznania, że w takim przypadku powstaje przychód po stronie spółki, która wypłaca dywidendę. Takie jest stanowisko Naczelnego Sądu Administracyjnego wyrażone w wyroku z 14 marca 2012 r. (sygn. II FSK 1673/10).
Do wydatków, które kwalifikują się do objęcia pomocą publiczną, przedsiębiorca może zaliczyć wydatki na wartości niematerialne i prawne związane z transferem technologii przez nabycie praw patentowych, licencji, know-how lub nieopatentowanej wiedzy technicznej. Posłużono się nowym terminem „wartości niematerialne i prawne związane z transferem technologii”, który nie został zdefiniowany przez ustawodawcę.
W dniu 26 maja 2011 r. zapadł interesujący wyrok WSA w Poznaniu (sygn. akt I SA/Po 312/11) w sprawie uznania przez organy podatkowe wykrytych w czasie remanentu nadwyżek w magazynie za przychód podatkowy. Jest to wyrok kontrowersyjny, gdyż jest korzystny dla organu podatkowego w sytuacji, gdy wydawałoby się rację ma podatnik. Zdaniem fiskusa nadwyżki te są nieodpłatnym świadczeniem, o których mowa w art. 12 ust. 1 pkt. 2 ustawy o CIT także w sytuacji, gdy nie stanowią świadczenia otrzymanego od innego podmiotu. Dotyczy to np. sytuacji wykrycia błędu pracownika, a nie rzeczywistego odkrycia w magazynie towarów i materiałów otrzymanych nieodpłatnie od dostawców.
Okazuje się, że nie jest łatwo stosować przepisy VAT także podmiotom sprzedającym lody. Inna stawka obowiązuje bowiem przy sprzedaży lodów bez świadczenia usługi gastronomicznej, czyli „na wynos” (5%), a inna gdy lody są serwowane do spożycia „na miejscu” (8%). Są jednak sytuacje, gdy trudno stwierdzić, czy jest świadczona usługa gastronomiczna, czy mamy do czynienia tylko ze sprzedażą.