Audyt poprawności prowadzenia ksiąg rachunkowych przy użyciu komputera dotyczy przede wszystkim takich zagadnień, jak miejsce prowadzenia i przechowywania ksiąg, procedura otwarcia i zamknięcia oraz drukowania ksiąg, sprawdzalność, bezbłędność i warunki prowadzenia ksiąg na bieżąco, sporządzanie elektronicznych dowodów księgowych, a także realizacja wymagań dotyczących ochrony danych systemów informatycznych rachunkowości.