Minister finansów wydał 24 czerwca 2016 r. interpretację ogólną, w której uznał, że posiłki sprzedawane przez różnego rodzaju placówki gastronomiczne, które są przeznaczone do bezpośredniej konsumpcji, nie mogą korzystać z 5% stawki VAT. Produkty takie, co do zasady, są opodatkowane 8% stawką VAT, z pewnymi wyjątkami, do których ma zastosowanie podstawowa stawka VAT (aktualnie, prawdopodobnie tylko do końca 2016 r. - 23%). Na wysokość stawki VAT dla tych produktów nie ma wpływu to, czy ich sprzedaż będzie traktowana jako świadczenie usług, czy też jako dostawa towarów.
W przypadku gdy podatnik, który organizuje półkolonie dla dzieci, będzie spełniał wymagania przewidziane w ustawie o systemie oświaty oraz w rozporządzeniu Ministra Edukacji Narodowej w sprawie wypoczynku dzieci i młodzieży, wówczas organizowane przez niego półkolonie, które zostaną zgłoszone kuratorowi oświaty i ich realizacja będzie podlegała nadzorowi i kontroli przez kuratorium, będą zwolnione od podatku VAT.
Polskie organy podatkowej uważają, że zagraniczny podatek VAT należny jest przychodem, a naliczony kosztem. Sądy orzekają odwrotnie, że nie jest przychodem, a kosztem tylko wtedy, gdy się go nie odzyska. Spory o to trwają od kilku lat i dotyczą każdego polskiego przedsiębiorcy, który działa za granicą i wystawia faktury z tamtejszym podatkiem należnym (np. niemieckim, szwedzkim) oraz otrzymuje dokumenty z wykazanym na nich podatkiem naliczonym.
Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 29 stycznia 2016 r., (sygn. akt II FSK 3178/13) rozstrzygnął kwestię tego, jak należy interpretować termin ,,wartość zadłużenia”, o którym mowa w art. 16 ust. 1 pkt 60 i 61 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (przepisy dot. tzw. cienkiej kapitalizacji). W orzecznictwie sporne jest, czy przez to określenie rozumieć trzeba jedynie wartość pożyczek czy też wszystkich zobowiązań wobec podmiotu powiązanego.
Z uwagi na ilość i różnorodność działań, które na co dzień realizują przedsiębiorstwa, pliki JPK mogą zawierać ogromną ilość danych, powiązanych z fakturami, zapisami w rejestrach zakupu i sprzedaży VAT, dokumentami magazynowymi, wyciągami bankowymi czy zapisami księgowymi. Jak zatem przygotować i skutecznie dostarczyć organom podatkowym pliki JPK?
Zdaniem Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej zarówno ogólna systematyka, jak i cel Dyrektywa Rady 2003/96/WE opierają się na zasadzie, według której produkty energetyczne są opodatkowane zgodnie z ich faktycznym wykorzystaniem. A zatem zastosowanie stawki akcyzy na olej opałowy jak dla paliwa napędowego w wyniku naruszenia warunku formalnego, podczas gdy faktyczne zużycie tego oleju na cele opałowe nie budzi wątpliwości, godzi w tę systematykę i cel, a przez to jest niezgodne z przepisami unijnymi.
20 czerwca 2016 r. minister finansów wydał interpretację ogólną, w której stwierdził, że do podmiotów, prowadzących księgi rachunkowe przy użyciu programów komputerowych, które nie posiadają statusu przedsiębiorcy (chodzi tu m.in. o jednostki samorządu terytorialnego, fundacje, stowarzyszenia), należy odpowiednio zastosować okresy przejściowe do wdrożenia Jednolitego Pliku Kontrolnego, jakie zostały przewidziane dla mikro-, małych i średnich przedsiębiorców.