Zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem pięciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. W odniesieniu do podatku VAT instytucja przedawnienia ma zastosowanie do każdego z osobna rozliczenia, niezależnie od jego wyniku, tj. zarówno do rozliczeń, w których obowiązek podatkowy przekształcił się w zobowiązanie podatkowe, jak i w przypadku prawa do odliczenia.
Resort finansów informuje, że kwoty wstrzymanych, czyli objętych weryfikacją zwrotów VAT, idą w setki milionów złotych. Przedsiębiorcy, objęci procedurą weryfikacji zasadności zwrotu nadwyżki VAT, narażeni są na długie lata oczekiwania oraz związane z tym ryzyko utraty płynności finansowej. Spory w tym zakresie niejednokrotnie kończą się przed sądami administracyjnymi.
Przedsiębiorcy, którzy są podatnikami VAT miewają wątpliwości odnośnie zasad odliczania VAT w przypadku nabywanych mediów (jak gaz, woda, energia elektryczna). Wątpliwości te dotyczą m.in. kwestii stosowanych przez dostawców mediów tzw. prognoz, które często różnią się od faktycznego zużycia, opóźnionego wystawienia faktury przez dostawcę. Kwestie te wyjaśnił (z upoważnienia Ministra Finansów) Filip Świtała, Podsekretarz Stanu w Ministerstwie Finansów w odpowiedzi (z 24 października 2018 r.) na interpelację poselską.
Główną cechą podatku od towarów i usług (dalej podatek „VAT”) jest jego neutralność. Zakłada ona, iż, co do zasady, podatek VAT nie powinien stanowić obciążenia dla przedsiębiorcy, który nie jest ostatecznym konsumentem towaru lub usługi. Oznacza to, że ekonomiczny ciężar podatku zostaje przesunięty na podmiot, który „zużywa” dany towar lub „konsumuje” daną usługę. Wyrazem neutralności tego podatku dla przedsiębiorcy jest prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony, które powstaje wraz z pojawieniem się nadwyżki podatku naliczonego nad podatkiem należnym.
Z przepisów podatkowych wynika, że zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem pięciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Okazuje się jednak, jak zauważa ekspert Grant Thornton, że organy podatkowe kwestionują podatek VAT z przeniesienia w wysokości zadeklarowanej w deklaracji za kolejny okres rozliczeniowy, mimo iż zobowiązanie uległo przedawnieniu.
Jednostki organizacyjne samorządu terytorialnego, świadcząc odpłatne usługi, stają się podatnikami VAT. Jednak część usług wykonują nieodpłatnie, w ramach realizacji zadań publicznoprawnych. Rozdzieleniu dla potrzeb podatku VAT działalności w ramach tych dwóch sfer służy tzw. prewspółczynnik. Mimo że sama ustawa o VAT daje podatnikom możliwość dostosowania sposobu określenia proporcji, fiskus wymusza stosowanie metod określonych w akcie niższej rangi, jakim jest rozporządzenie.
Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji indywidualnej z 22 maja 2018 r., znak: ITPP2/4512-289/15-2/PS, po oddaleniu skargi kasacyjnej przez NSA (wyrok I FSK 490/16 z 18.01.2018 r.), musiał przyznać, że nie w każdym przypadku parkowanie samochodu poza siedzibą firmy oznacza, że samochód nie jest wykorzystywany wyłącznie do działalności gospodarczej.
Trybunał Sprawiedliwości UE odpowie na pytanie prejudycjalne NSA, czy obecny zakaz odliczania VAT od usług gastronomicznych i noclegowych nie narusza regulacji unijnych. Jeśli uzna, że zakaz jest dopuszczalny, to sytuacja przedsiębiorców z branży hotelarskiej i gastronomicznej nie tylko się nie poprawi, ale wręcz pogorszy. Opłacalne przestanie być wydawanie bonów na noclegi bądź wyżywienie – alarmuje jedna z organizacji branżowych w petycji do Ministerstwa Finansów. Apeluje, aby resort finansów nie czekał na werdykt unijnego trybunału i już dzisiaj przemyślał zmiany przepisów.
Zdaniem Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej podatnik zachowuje prawo do odliczenia VAT, gdy prawo to powstało, nawet jeśli ów podatnik z przyczyn niezależnych od jego woli nie mógł wykorzystać towarów lub usług stanowiących podstawę odliczenia. W związku z tym do odmowy odliczenia nie wystarczy, aby nieruchomość pozostała niezajęta po rozwiązaniu umowy najmu, której była przedmiotem, z powodu okoliczności niezależnych od woli jej właściciela.